187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0324 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0324  regulatory protein, MarR  100 
 
 		 169 aa  338  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0540  transcriptional regulator, MarR family  64.94 
 
 		 170 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0501  MarR family transcriptional regulator  69.18 
 
 		 168 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0851191  normal  0.700871 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0087  MarR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 168 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.383416 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4699  hypothetical protein  43.24 
 
 		 160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.158619  normal  0.0406729 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3135  MarR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3908  transcriptional regulator, MarR family  42.07 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3280  MarR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal  0.011902 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2144  MarR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 177 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0843453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2134  regulatory protein, MarR  34.48 
 
 		 176 aa  85.5  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2290  transcriptional regulator, MarR family  34.48 
 
 		 176 aa  85.5  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.851644  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2140  regulatory protein, MarR  32.8 
 
 		 173 aa  67  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2296  transcriptional regulator, MarR family  32.8 
 
 		 173 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2413  MarR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 180 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3824  MarR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.765459  normal  0.539735 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4666  MarR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3697  MarR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1790  transcriptional regulator, MarR family  23.78 
 
 		 174 aa  57.4  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0379  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2629  MarR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 160 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8863  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  29.17 
 
 		 153 aa  52  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3161  regulatory protein, MarR  36.43 
 
 		 158 aa  51.2  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0336123  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0149  transcription regulator protein  35.23 
 
 		 157 aa  50.8  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0628  MarR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 144 aa  50.8  0.000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4766  transcriptional regulator, MarR family  30.7 
 
 		 166 aa  50.8  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.462626  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 157 aa  50.8  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3199  transcriptional regulator, MarR family  29.66 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534315  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1860  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 151 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0613  MarR family transcriptional regulator  28 
 
 		 150 aa  49.3  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.31364  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3854  MarR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 151 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113287  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1435  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 151 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209441 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2137  transcriptional regulator, MarR family  36.62 
 
 		 154 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.727084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2452  transcriptional regulator, MarR family  34.25 
 
 		 154 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.126734  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0707  regulatory protein MarR  34.44 
 
 		 151 aa  48.9  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0133  regulatory protein MarR  37.5 
 
 		 168 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2174  regulatory protein MarR  34.25 
 
 		 154 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.363681 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1344  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1470  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 151 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 156 aa  48.5  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15300  transcriptional regulator, MarR family  28.86 
 
 		 162 aa  48.1  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408936  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0934  MarR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 163 aa  48.1  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0150  MarR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 154 aa  47.8  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0208553  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3056  MarR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 168 aa  47.8  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2325  transcriptional regulator, MarR family  36.99 
 
 		 162 aa  47.8  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0434242 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 147 aa  47.4  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4026  MarR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 204 aa  47.4  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5144  MarR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 156 aa  47  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0519  transcriptional regulator, MarR family  27.66 
 
 		 157 aa  46.6  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3597  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 153 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0374  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 140 aa  46.2  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00135193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0474  transcriptional regulator, MarR family  26.76 
 
 		 155 aa  46.2  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1943  transcriptional regulator, MarR family protein  36.36 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0012648  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0069  transcriptional regulator, MarR family  29.06 
 
 		 166 aa  46.6  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6388  transcriptional regulator, MarR family  29.58 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0573  MarR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 151 aa  45.8  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256198  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27230  MarR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 151 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1679  transcriptional regulator, TrmB  32.11 
 
 		 141 aa  45.8  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.995926  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3305  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 136 aa  45.8  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122445  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3240  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 158 aa  45.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.715513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2578  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 160 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.856924  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2623  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 160 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0922619  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0200  transcriptional regulator, MarR family  30.71 
 
 		 159 aa  45.4  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0324  MarR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 164 aa  45.1  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04763  hypothetical protein  34.57 
 
 		 143 aa  44.7  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0835  transcriptional regulator, MarR family protein  38.75 
 
 		 150 aa  44.7  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1524  MarR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 149 aa  44.7  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4635  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 153 aa  44.7  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472747  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0041  transcriptional regulator, MarR family  31.82 
 
 		 170 aa  44.7  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1670  transcriptional regulator, MarR family  28.93 
 
 		 161 aa  44.3  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0799  MarR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 161 aa  44.3  0.0008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1921  MarR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 155 aa  44.3  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1192  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 143 aa  44.3  0.0009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.428453  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01785  transcription regulator protein  37.25 
 
 		 158 aa  43.9  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3331  MarR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 155 aa  43.9  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.376124  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 170 aa  43.9  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1956  transcriptional regulator  27.93 
 
 		 154 aa  43.9  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.720732 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1718  transcriptional regulator, MarR family  33.71 
 
 		 159 aa  44.3  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2133  MarR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0435  MarR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 150 aa  43.9  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2251  MarR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 145 aa  43.9  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344689  normal  0.255238 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0578  transcriptional regulator, MarR family protein  34.57 
 
 		 163 aa  43.9  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0087  transcriptional regulator, MarR family  33.63 
 
 		 166 aa  43.5  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0129  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 154 aa  43.9  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001045  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  32.63 
 
 		 152 aa  43.5  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0960  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 146 aa  44.3  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.305429  normal  0.461467 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2956  MarR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 153 aa  43.5  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.119179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4256  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 166 aa  44.3  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.973283 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4551  transcriptional regulator, MarR family  31.25 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1004  MarR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 157 aa  42.7  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.324282  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1936  transcriptional regulator, MarR family  33.8 
 
 		 155 aa  43.1  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.13089 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1665  MarR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 159 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5460  MarR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 159 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3423  MarR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118628 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 143 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 143 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6797  transcriptional regulator, MarR family  38.57 
 
 		 150 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000341321  decreased coverage  0.0000000109708 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5638  MarR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 159 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.109485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0641  MarR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 159 aa  42.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0232  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 152 aa  43.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3156  MarR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 141 aa  43.1  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.646258 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>