More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2629 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2629  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
160 aa  323  5e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8863  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3854  MarR family transcriptional regulator  74.83 
 
 
151 aa  221  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113287  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27230  MarR family transcriptional regulator  75.18 
 
 
151 aa  217  6e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15300  transcriptional regulator, MarR family  69.66 
 
 
162 aa  216  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408936  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1470  MarR family transcriptional regulator  73.43 
 
 
151 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2306  putative transcriptional regulator  74.47 
 
 
151 aa  214  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1768  transcriptional regulator, MarR family  67.13 
 
 
157 aa  207  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1435  MarR family transcriptional regulator  80.17 
 
 
151 aa  205  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.209441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1860  MarR family transcriptional regulator  74.83 
 
 
151 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3626  regulatory protein, MarR  65.73 
 
 
157 aa  201  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000000021465  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3996  MarR family transcriptional regulator  67.13 
 
 
154 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000674162  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6797  transcriptional regulator, MarR family  58.74 
 
 
150 aa  165  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000341321  decreased coverage  0.0000000109708 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0573  MarR family transcriptional regulator  58.39 
 
 
151 aa  163  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256198  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2842  MarR family transcriptional regulator  58.04 
 
 
150 aa  163  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0304  MarR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
150 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1679  MarR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
150 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0862  MarR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
158 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.182256  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0598  MarR family transcriptional regulator  55.94 
 
 
267 aa  159  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0623  MarR family transcriptional regulator  58.7 
 
 
151 aa  159  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2559  transcriptional regulator  55.94 
 
 
150 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.970675  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2422  MarR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
150 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.934023  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0335  MarR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
158 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.663008  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1483  MarR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
150 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.553037  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0483  MarR family transcriptional regulator  59.85 
 
 
151 aa  159  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0397178 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1196  MarR family transcriptional regulator  58.82 
 
 
155 aa  159  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0474  transcriptional regulator, MarR family  59.85 
 
 
155 aa  159  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2251  MarR family transcriptional regulator  56.52 
 
 
145 aa  157  7e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344689  normal  0.255238 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  53.21 
 
 
156 aa  156  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3619  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  58.27 
 
 
162 aa  154  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1670  transcriptional regulator, MarR family  54.74 
 
 
161 aa  154  4e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428433  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0519  transcriptional regulator, MarR family  55.97 
 
 
157 aa  154  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  57.55 
 
 
170 aa  153  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0830  MarR family transcriptional regulator  51.77 
 
 
151 aa  152  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2231  MarR family transcriptional regulator  56.93 
 
 
150 aa  152  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106154  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4499  MarR family transcriptional regulator  57.46 
 
 
150 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.148368  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3662  MarR family transcriptional regulator  57.46 
 
 
150 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485543  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3865  MarR family transcriptional regulator  57.46 
 
 
150 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0792032  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0886  MarR family transcriptional regulator  51.77 
 
 
151 aa  151  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3762  MarR family transcriptional regulator  56.93 
 
 
150 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.425599  hitchhiker  0.00135953 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1328  transcriptional regulator, MarR family  56.72 
 
 
149 aa  151  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2950  transcriptional regulator, MarR family  56.72 
 
 
149 aa  151  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3233  MarR family transcriptional regulator  56.93 
 
 
150 aa  151  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.550723  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4880  MarR family transcriptional regulator  56.2 
 
 
157 aa  150  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368926  hitchhiker  0.00140951 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4410  MarR family transcriptional regulator  55.07 
 
 
176 aa  150  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0108  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  55.71 
 
 
152 aa  150  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.879191 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0401  transcriptional regulator, MarR family  52.38 
 
 
156 aa  150  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2137  transcriptional regulator, MarR family  52.94 
 
 
154 aa  150  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.727084 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2174  regulatory protein MarR  52.21 
 
 
154 aa  149  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.363681 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2452  transcriptional regulator, MarR family  51.8 
 
 
154 aa  150  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.126734  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1189  transcriptional regulator MarR family  54.35 
 
 
158 aa  148  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0960  MarR family transcriptional regulator  58.02 
 
 
146 aa  147  6e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.305429  normal  0.461467 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3291  MarR family transcriptional regulator  48.59 
 
 
152 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.570613  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2845  transcriptional regulator, MarR family  47.14 
 
 
145 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.648486  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0519  MarR family transcriptional regulator  58.33 
 
 
150 aa  144  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4256  MarR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
166 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.973283 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0421  MarR family transcriptional regulator  48.57 
 
 
150 aa  143  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0670441  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03887  transcriptional regulator MarR family  53.68 
 
 
152 aa  142  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4966  transcriptional regulator, MarR family  51.8 
 
 
153 aa  141  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345847  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1203  transcriptional regulator, TrmB  53.49 
 
 
146 aa  142  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529625  normal  0.0362733 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0628  MarR family transcriptional regulator  54.76 
 
 
144 aa  141  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0129  MarR family transcriptional regulator  50.71 
 
 
154 aa  141  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1742  MarR family transcriptional regulator  53.17 
 
 
149 aa  141  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2151  MarR family transcriptional regulator  53.73 
 
 
153 aa  141  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4766  transcriptional regulator, MarR family  50.36 
 
 
166 aa  140  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.462626  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1641  transcriptional regulator, MarR family  52.9 
 
 
157 aa  141  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176874  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2325  transcriptional regulator, MarR family  53.73 
 
 
162 aa  140  7e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0434242 
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  51.43 
 
 
153 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0057  MarR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
185 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.584189  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  54.74 
 
 
153 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1176  transcriptional regulator, TrmB  50 
 
 
146 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.713709  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0934  MarR family transcriptional regulator  51.85 
 
 
163 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  54.74 
 
 
153 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1193  transcriptional regulator, TrmB  50 
 
 
146 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0803  transcriptional regulator, MarR family protein  48.53 
 
 
148 aa  138  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0835  transcriptional regulator, MarR family protein  52.21 
 
 
150 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5144  MarR family transcriptional regulator  51.08 
 
 
156 aa  137  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0578  transcriptional regulator, MarR family protein  47.33 
 
 
163 aa  136  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1113  transcriptional regulator, TrmB  51.13 
 
 
167 aa  135  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0061  MarR family transcriptional regulator  44.87 
 
 
171 aa  135  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.310818 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4591  MarR family transcriptional regulator  49.08 
 
 
182 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.539807 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0799  MarR family transcriptional regulator  52.27 
 
 
161 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1207  transcriptional regulator, MarR family  50 
 
 
146 aa  134  8e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000193075 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1134  MarR family transcriptional regulator  52.76 
 
 
144 aa  133  8e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1770  MarR family transcriptional regulator  51.75 
 
 
155 aa  133  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2005  MarR family transcriptional regulator  48.57 
 
 
143 aa  130  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0815  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 
165 aa  130  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000550088 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4603  transcriptional regulator, MarR family  47.45 
 
 
150 aa  130  9e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3311  MarR family transcriptional regulator  50.79 
 
 
165 aa  130  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4792  transcriptional regulator, MarR family  47.69 
 
 
147 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0729618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3426  transcriptional regulator, MarR family  52.38 
 
 
165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0021  MarR family transcriptional regulator  50.39 
 
 
178 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0866  MarR family transcriptional regulator  52.38 
 
 
165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4635  MarR family transcriptional regulator  49.62 
 
 
153 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472747  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1524  MarR family transcriptional regulator  47.52 
 
 
149 aa  129  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26569  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0977  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 
165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2928  MarR family transcriptional regulator  45.99 
 
 
143 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.442252 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0649  transcriptional regulator, MarR family  47.45 
 
 
150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3056  MarR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0886  transcriptional regulator, MarR family  45.93 
 
 
161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541526  normal  0.759862 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0925  regulatory protein MarR  45.93 
 
 
195 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.101489  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>