123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3280 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3280  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 177 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal  0.011902 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2144  MarR family transcriptional regulator  83.62 
 
 		 177 aa  295  3e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0843453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3908  transcriptional regulator, MarR family  78.62 
 
 		 195 aa  254  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3135  MarR family transcriptional regulator  76.73 
 
 		 184 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4699  hypothetical protein  42.14 
 
 		 160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.158619  normal  0.0406729 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0324  regulatory protein, MarR  42.47 
 
 		 169 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0087  MarR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.383416 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0540  transcriptional regulator, MarR family  37.11 
 
 		 170 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0501  MarR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 168 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0851191  normal  0.700871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2134  regulatory protein, MarR  33.33 
 
 		 176 aa  84.3  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2290  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 176 aa  84.3  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.851644  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1790  transcriptional regulator, MarR family  29.93 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2140  regulatory protein, MarR  35.29 
 
 		 173 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2296  transcriptional regulator, MarR family  35.29 
 
 		 173 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0379  MarR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 195 aa  63.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  28.7 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  28.7 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  28.7 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  28.7 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3626  regulatory protein, MarR  33.33 
 
 		 157 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000000021465  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0613  MarR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 150 aa  53.9  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.31364  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  27.83 
 
 		 145 aa  53.1  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  27.83 
 
 		 145 aa  51.6  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2413  MarR family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 180 aa  52  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1679  transcriptional regulator, TrmB  27.68 
 
 		 141 aa  52  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.995926  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  27.83 
 
 		 145 aa  51.6  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3824  MarR family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 180 aa  51.6  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.765459  normal  0.539735 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4666  MarR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 180 aa  51.2  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3697  MarR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 180 aa  51.2  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 155 aa  50.8  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1808  MarR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 159 aa  50.8  0.000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6111  regulatory protein, MarR  28.69 
 
 		 158 aa  50.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 155 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 155 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 148 aa  50.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 146 aa  50.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1768  transcriptional regulator, MarR family  31.48 
 
 		 157 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 155 aa  50.1  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0021  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 178 aa  50.1  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 146 aa  49.7  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01785  transcription regulator protein  29.82 
 
 		 158 aa  49.3  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  29.92 
 
 		 191 aa  48.5  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 150 aa  48.1  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0803  transcriptional regulator, MarR family protein  24.29 
 
 		 148 aa  47.8  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 147 aa  47.8  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3109  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 154 aa  47  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0089778  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3838  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 154 aa  47  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0731  transcriptional regulator, MarR family  26.83 
 
 		 156 aa  47  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000118752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 154 aa  47  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3683  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 		 153 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3914  MarR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 170 aa  47  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3666  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 156 aa  47  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4766  transcriptional regulator, MarR family  23.68 
 
 		 166 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.462626  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27230  MarR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 151 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3479  transcriptional regulator, MarR family  31.03 
 
 		 165 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.891709  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4551  transcriptional regulator, MarR family  31.03 
 
 		 165 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  27.94 
 
 		 153 aa  45.8  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4026  MarR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3199  transcriptional regulator, MarR family  29.76 
 
 		 149 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534315  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4256  MarR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 166 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.973283 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0232  MarR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 152 aa  45.4  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1470  MarR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 151 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3476  MarR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 155 aa  45.4  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1835  transcriptional regulator, TrmB  29.81 
 
 		 146 aa  45.1  0.0005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4464  MarR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 143 aa  45.4  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0544  regulatory protein MarR  32.22 
 
 		 144 aa  45.1  0.0006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0061  MarR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 171 aa  44.7  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.310818 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1860  MarR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 151 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0578  transcriptional regulator, MarR family protein  31 
 
 		 163 aa  44.7  0.0007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2559  MarR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 155 aa  44.7  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3854  MarR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 151 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113287  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 157 aa  44.3  0.0009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3564  MarR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 155 aa  44.3  0.0009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.7607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2306  putative transcriptional regulator  26.17 
 
 		 151 aa  44.3  0.0009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15300  transcriptional regulator, MarR family  28.28 
 
 		 162 aa  44.3  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408936  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 145 aa  43.9  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4873  MarR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 151 aa  43.5  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846475  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0719  transcriptional regulator, MarR family  26.52 
 
 		 142 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0806783  normal  0.0372337 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0025  transcriptional regulator, MarR family  28 
 
 		 172 aa  43.9  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.209709 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3966  MarR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 152 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0529361  normal  0.146935 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3415  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 149 aa  43.5  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0058743 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1435  MarR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 151 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0934  MarR family transcriptional regulator  28 
 
 		 163 aa  43.5  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1184  MarR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 168 aa  44.3  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.535813 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0638  transcriptional regulator, MarR family  30.88 
 
 		 169 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.16424 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03887  transcriptional regulator MarR family  24.76 
 
 		 152 aa  43.9  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1540  regulatory protein, MarR  22.97 
 
 		 175 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0757127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2470  transcriptional regulator, TrmB  31.82 
 
 		 162 aa  43.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0722  transcriptional regulator, MarR family  25 
 
 		 175 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.702858  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0628  MarR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 144 aa  43.1  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0799  MarR family transcriptional regulator  29 
 
 		 161 aa  43.1  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5112  MarR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 155 aa  43.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522104  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1631  MarR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.813551 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4428  MarR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.400041  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2196  MarR family transcriptional regulator  21.38 
 
 		 146 aa  42.7  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4987  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 176 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.411261  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5075  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 176 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.771744 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5368  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 176 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2845  transcriptional regulator, MarR family  29.79 
 
 		 145 aa  42.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.648486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3956  MarR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 158 aa  42.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210234 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>