More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1819 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1819  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  681    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.381464 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15290  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0074929  hitchhiker  0.0000000000000265262 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0159  LuxR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 381 aa  179  7e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655678 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1345  putative transcriptional regulator  34.84 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1916  LuxR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 381 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.309306  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1344  LuxR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 381 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.459414  normal  0.0284977 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2114  LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 435 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5229  LuxR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 381 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1472  LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.659307  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1951  LuxR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1239  LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3340  LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0323949  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1965  LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 465 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.701067  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6151  LuxR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 381 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1928  LuxR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 381 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.3427  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2488  LuxR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 382 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2331  LuxR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 381 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.506748  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2372  LuxR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 381 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4266  regulatory protein, LuxR  34.08 
 
 		 330 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5017  transcriptional regulator, LuxR family  34.6 
 
 		 326 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.177387  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2336  LuxR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671494 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1549  LuxR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.730444  normal  0.517994 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0869  response regulator  31.55 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1577  LuxR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 340 aa  87  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0947  LuxR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 799 aa  63.5  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3490  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 950 aa  62  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.123756  normal  0.368778 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3596  transcriptional regulator, LuxR family  48.28 
 
 		 178 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.445896  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3528  transcriptional regulator, LuxR family  48.28 
 
 		 178 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.993919  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3447  LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 175 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2089  transcriptional regulator, LuxR family  45.56 
 
 		 959 aa  58.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.840433 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3555  response regulator receiver protein  46.55 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0548987 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2409  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.12 
 
 		 221 aa  54.7  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000000055116  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6511  two component LuxR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 215 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.100644 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4471  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 680 aa  53.5  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3333  putative GAF sensor protein  30.51 
 
 		 337 aa  53.5  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000024047  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1505  transcriptional regulator, LuxR family  41.58 
 
 		 522 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  40.85 
 
 		 919 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  39.13 
 
 		 231 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 227 aa  52.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  29.51 
 
 		 879 aa  52.4  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00310  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  36.21 
 
 		 213 aa  52  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3188  LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 368 aa  52  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0110301  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2713  two component LuxR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 216 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  49.02 
 
 		 258 aa  51.6  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1536  LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 357 aa  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.413488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.25 
 
 		 925 aa  51.6  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1432  regulatory protein, LuxR  42.25 
 
 		 837 aa  51.6  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164581 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  50 
 
 		 916 aa  51.6  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3893  transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 904 aa  51.6  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2786  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 210 aa  51.2  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0443035  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  41.94 
 
 		 215 aa  50.8  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1980  two component LuxR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 226 aa  51.2  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.893627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 998 aa  51.2  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0968  transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 938 aa  50.8  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  46.03 
 
 		 217 aa  50.8  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 306 aa  50.8  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3551  cyclic nucleotide-binding protein  49.12 
 
 		 1001 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 1137 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02135  putative transcription regulator protein  36.96 
 
 		 252 aa  50.4  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 215 aa  50.4  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3378  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 249 aa  50.4  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.394495  normal  0.0844825 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2610  transcriptional regulator, LuxR family  43.48 
 
 		 981 aa  50.4  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.701031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 339 aa  50.8  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0303  two component LuxR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 214 aa  50.4  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0922  transcriptional regulator, LuxR family  27.27 
 
 		 378 aa  50.1  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1895  putative transcription regulator protein  42.03 
 
 		 252 aa  50.1  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.030885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2357  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.1 
 
 		 234 aa  50.1  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  45.21 
 
 		 827 aa  50.1  0.00006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2015  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.88 
 
 		 232 aa  50.1  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.706703  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  43.08 
 
 		 1336 aa  50.1  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0642  putative response regulator  49.09 
 
 		 217 aa  50.1  0.00006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1460  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 224 aa  50.1  0.00006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.659068  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 214 aa  49.7  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.140358  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1972  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 217 aa  49.7  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000794288  unclonable  0.0000000332591 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.88 
 
 		 867 aa  49.7  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3529  transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 324 aa  49.7  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0854004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0277  response regulator receiver protein  46.3 
 
 		 214 aa  49.7  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 216 aa  49.7  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2177  response regulator receiver protein  46.77 
 
 		 220 aa  49.7  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.430622  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4740  two component LuxR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 160 aa  49.7  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.318753  normal  0.272493 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4595  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 995 aa  49.7  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.131343  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  47.27 
 
 		 196 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 196 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  47.27 
 
 		 196 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.27 
 
 		 196 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.27 
 
 		 196 aa  49.3  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 275 aa  49.3  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.27 
 
 		 196 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3572  transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 		 914 aa  49.3  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.27 
 
 		 196 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.27 
 
 		 196 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.27 
 
 		 196 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2089  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 220 aa  49.3  0.00009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.954326  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4551  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 208 aa  48.9  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000124934  normal  0.0275678 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3799  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 952 aa  49.3  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00558742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 947 aa  48.5  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 228 aa  48.9  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1602  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.17 
 
 		 226 aa  48.9  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  43.08 
 
 		 887 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  42.37 
 
 		 196 aa  48.9  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>