More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5017 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5017  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 326 aa  667    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.177387  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2336  LuxR family transcriptional regulator  56.96 
 
 		 322 aa  354  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671494 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1819  LuxR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 339 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.381464 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0159  LuxR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 381 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655678 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2114  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 435 aa  132  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2488  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 382 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1472  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.659307  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1239  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3340  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0323949  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2331  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.506748  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2372  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1965  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 465 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.701067  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1916  LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 381 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.309306  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6151  LuxR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 381 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1928  LuxR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 381 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.3427  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1951  LuxR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 381 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1344  LuxR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 381 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.459414  normal  0.0284977 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5229  LuxR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 381 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1345  putative transcriptional regulator  28.1 
 
 		 325 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15290  putative transcriptional regulator  27.72 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0074929  hitchhiker  0.0000000000000265262 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4266  regulatory protein, LuxR  27.96 
 
 		 330 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1549  LuxR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 367 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.730444  normal  0.517994 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0869  response regulator  25.93 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1577  LuxR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 340 aa  55.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4386  two component LuxR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 209 aa  52.8  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  48.21 
 
 		 887 aa  52.8  0.000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3630  two component LuxR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 232 aa  51.6  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00295856  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  42.42 
 
 		 213 aa  51.2  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1849  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.71 
 
 		 197 aa  50.8  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0165336  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2137  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 211 aa  50.1  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0335187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0333  LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 141 aa  49.7  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.800894  normal  0.0115404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33920  putative transcriptional regulator  45.45 
 
 		 213 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100556  normal  0.165827 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2577  transcriptional regulator, LuxR family  47.92 
 
 		 372 aa  49.3  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0769027  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  47.27 
 
 		 279 aa  49.3  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2312  two-component response regulator transcription regulator protein  40.74 
 
 		 238 aa  48.9  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.500036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0553  response regulator receiver protein  47.46 
 
 		 213 aa  49.3  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.82888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  46.43 
 
 		 292 aa  48.9  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  52 
 
 		 208 aa  49.3  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6272  transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 394 aa  48.9  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.486348 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3378  LuxR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 249 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.394495  normal  0.0844825 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 221 aa  48.1  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3147  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 302 aa  48.5  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235206  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0582  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.77 
 
 		 204 aa  48.1  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1083  two component LuxR family transcriptional regulator  48 
 
 		 316 aa  48.5  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3585  two component LuxR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 306 aa  48.5  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.295986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.91 
 
 		 211 aa  48.1  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2488  LuxR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 359 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008035 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2088  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 199 aa  47.4  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1936  response regulator receiver protein  41.43 
 
 		 205 aa  47.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  45.83 
 
 		 222 aa  47.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12650  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  33.04 
 
 		 217 aa  47.4  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.129544  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1493  transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 198 aa  47.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0827  response regulator receiver protein  42.42 
 
 		 217 aa  47.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1284  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.98 
 
 		 209 aa  47.4  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0277  response regulator receiver protein  44.83 
 
 		 214 aa  47.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3421  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 204 aa  47.8  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 231 aa  47.8  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.9 
 
 		 880 aa  47.8  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4039  two component LuxR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 250 aa  47.4  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512873  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.43 
 
 		 219 aa  47  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0722  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 206 aa  47  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.511528  normal  0.608348 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 339 aa  47.4  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3909  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 211 aa  47  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.755905  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3924  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 214 aa  47  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2885  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 213 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3983  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 214 aa  47  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.714996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  46.81 
 
 		 353 aa  47.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.43 
 
 		 219 aa  47.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1532  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.76 
 
 		 220 aa  47.4  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0114765  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 216 aa  47.4  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.21 
 
 		 208 aa  47  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0211915  normal  0.642006 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3409  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.46 
 
 		 221 aa  47  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000306896  hitchhiker  0.000114505 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0565  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 213 aa  47  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2627  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.92 
 
 		 211 aa  47  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1626  two component LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 194 aa  47  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.947018 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2104  LuxR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 235 aa  47  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5343  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 361 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0342945 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5557  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.02 
 
 		 223 aa  46.6  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.496641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4040  two component LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 216 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4682  transcriptional regulator, LuxR family  38.33 
 
 		 940 aa  46.6  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.62 
 
 		 913 aa  46.6  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  53.33 
 
 		 536 aa  46.6  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2373  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.83 
 
 		 192 aa  46.6  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2963  regulatory protein, LuxR  45.1 
 
 		 824 aa  46.6  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0938  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 242 aa  46.2  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.82 
 
 		 218 aa  46.2  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4288  metal dependent phosphohydrolase  43.1 
 
 		 519 aa  46.2  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.472516  normal  0.533265 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2058  metal dependent phosphohydrolase  48 
 
 		 521 aa  46.2  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.82 
 
 		 218 aa  46.2  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0321  transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 524 aa  46.2  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1579  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 242 aa  46.2  0.0008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3265  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 74 aa  46.2  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3810  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.92 
 
 		 236 aa  46.2  0.0008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225059  normal  0.0261757 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2594  transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 920 aa  46.2  0.0009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5861  LuxR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 309 aa  45.8  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.971396 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.36 
 
 		 226 aa  45.8  0.0009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1736  DNA-binding response regulator NarL  40.82 
 
 		 233 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 		 209 aa  45.4  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3254  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 201 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  48.89 
 
 		 496 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>