More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1014 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1014  PDZ/DHR/GLGF  100 
 
 		 321 aa  634    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1117  PDZ/DHR/GLGF  87.23 
 
 		 321 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0129707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5059  PDZ/DHR/GLGF domain protein  85.98 
 
 		 321 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1107  putative serine protease  68.42 
 
 		 323 aa  468  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0917977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4304  PDZ/DHR/GLGF  75.23 
 
 		 323 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.328087  normal  0.0388954 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3491  PDZ/DHR/GLGF  73.07 
 
 		 323 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0744  trypsin-like serine protease  67.8 
 
 		 323 aa  450  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2194  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  61.61 
 
 		 323 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2497  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  60.69 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.24915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1570  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  57.41 
 
 		 324 aa  363  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.43574  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4358  PDZ/DHR/GLGF domain protein  56.17 
 
 		 324 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0797  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  55 
 
 		 326 aa  359  4e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4255  PDZ/DHR/GLGF domain protein  54.63 
 
 		 324 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.730819 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3887  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  54.63 
 
 		 324 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.204863  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2159  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  52.52 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0222521 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0906  PDZ/DHR/GLGF domain protein  51.97 
 
 		 301 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0997368  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1051  PDZ/DHR/GLGF domain protein  52.3 
 
 		 301 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00175075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1129  putative serine protease  39.68 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247199  normal  0.0306417 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0666  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  40.82 
 
 		 384 aa  189  5e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3720  PDZ/DHR/GLGF  37.54 
 
 		 354 aa  182  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.285771  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0747  2-alkenal reductase  29.3 
 
 		 385 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0721582  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4790  protease Do  28.4 
 
 		 511 aa  94.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.914829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2046  protease Do  29.05 
 
 		 525 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.858833  normal  0.0343309 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2256  peptidase S1C, Do  30.22 
 
 		 498 aa  86.7  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0494  peptidase S1C, Do  29.12 
 
 		 506 aa  85.9  8e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0905  protease Do  28.89 
 
 		 502 aa  85.9  8e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2422  peptidase S1C, Do  29.81 
 
 		 501 aa  85.9  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5949  HtrA2 peptidase  27.34 
 
 		 512 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510006  normal  0.029563 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1784  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  30.28 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.98033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6606  HtrA2 peptidase  26.84 
 
 		 393 aa  85.5  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.211294  normal  0.127864 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1855  protease Do  28 
 
 		 504 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.19147  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  29.63 
 
 		 487 aa  84.7  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1365  peptidase S1C, Do  29.7 
 
 		 482 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0859447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0209  protease Do  26.37 
 
 		 517 aa  84.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0976741 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0817  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  27.24 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03178  protease DO  28.88 
 
 		 446 aa  83.6  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0459704  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2024  peptidase S1C, Do  26.91 
 
 		 473 aa  83.2  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1733  protease Do  28.73 
 
 		 522 aa  83.2  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  hitchhiker  0.00274873 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1087  protease Do  28.06 
 
 		 477 aa  82.4  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.386741  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1565  protease Do  29.29 
 
 		 502 aa  82.4  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000901531  hitchhiker  0.00330598 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3672  2-alkenal reductase  25.99 
 
 		 424 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1605  2-alkenal reductase  28.15 
 
 		 385 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00436797 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4861  protease Do  26.81 
 
 		 492 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.837631 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3784  protease Do  26.81 
 
 		 492 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0410  protease Do  29.43 
 
 		 474 aa  81.3  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.134213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1726  protease Do  28.03 
 
 		 513 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0816  periplasmic serine protease  28.16 
 
 		 462 aa  81.6  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0094905  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4753  serine protease MucD precursor  27.56 
 
 		 474 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.249411  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0709  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  26.55 
 
 		 388 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.675227 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54390  serine protease MucD precursor  27.56 
 
 		 474 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1651  protease Do  31.73 
 
 		 492 aa  80.5  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.3942  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  28.46 
 
 		 502 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1392  protease Do  25.9 
 
 		 493 aa  80.1  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0701  serine endoprotease  27.37 
 
 		 496 aa  80.1  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5515  2-alkenal reductase  29.2 
 
 		 383 aa  80.1  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5428  protease Do  29.55 
 
 		 508 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.025142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3096  serine endoprotease  26.13 
 
 		 485 aa  79.7  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.916772  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2857  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  29.87 
 
 		 394 aa  79.7  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.122647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2959  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  28.29 
 
 		 380 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.528569  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5887  protease Do  29.12 
 
 		 504 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1782  protease Do  27.13 
 
 		 498 aa  79.3  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0837  protease Do  26.79 
 
 		 502 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1793  serine protease, MucD  26.79 
 
 		 502 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.455589  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1070  protease Do  26.92 
 
 		 479 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0166  periplasmic serine protease  27.06 
 
 		 473 aa  79.3  0.00000000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.358427  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2783  Do family protease  26.79 
 
 		 502 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.96749  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3640  peptidase S1C, Do  28.16 
 
 		 487 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.316615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2811  serine protease, MucD  26.79 
 
 		 502 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2470  serine protease, MucD  26.79 
 
 		 502 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2845  Do family protease  26.79 
 
 		 502 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  29.75 
 
 		 464 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1216  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  25.61 
 
 		 401 aa  79  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0539  serine protease, MucD  26.79 
 
 		 461 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.794345  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1181  serine endoprotease  26.48 
 
 		 487 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2121  2-alkenal reductase  28.95 
 
 		 525 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0789  serine endoprotease  25.35 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.290182 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2898  peptidase  26.79 
 
 		 485 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  28.93 
 
 		 464 aa  79  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0476  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  29.81 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.236131  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2895  2-alkenal reductase  27.62 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.253415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1746  protease Do  29.15 
 
 		 471 aa  79  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2022  protease Do  29.46 
 
 		 459 aa  78.6  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.303504 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0229  serine endoprotease  26.09 
 
 		 475 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0366  2-alkenal reductase  25 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.850857  normal  0.376935 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12950  Htr-like protease  30.86 
 
 		 383 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0232  serine endoprotease  26.09 
 
 		 475 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0586414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0520  protease Do  28.97 
 
 		 457 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0469168  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0230  serine endoprotease  26.09 
 
 		 478 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2903  protease Do  27.41 
 
 		 505 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.580104  normal  0.459508 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0675  serine protease  27.41 
 
 		 495 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0456  protease DegQ  28.97 
 
 		 457 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000901384  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0246  serine endoprotease  26.09 
 
 		 475 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.561258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  28.46 
 
 		 466 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2211  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  25.27 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1115  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  27.66 
 
 		 442 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0193596  normal  0.0193298 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1137  protease  28.41 
 
 		 463 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0382173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0248  serine endoprotease  26.09 
 
 		 478 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0357  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  25 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12639  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1673  protease Do  25.88 
 
 		 505 aa  77.4  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0684799  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0111  2-alkenal reductase  32.25 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.153202 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>