More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0666 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0666  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  100 
 
 		 384 aa  744    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1129  putative serine protease  52.88 
 
 		 355 aa  342  5e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247199  normal  0.0306417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3720  PDZ/DHR/GLGF  46.83 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.285771  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0906  PDZ/DHR/GLGF domain protein  46.28 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0997368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1107  putative serine protease  42.72 
 
 		 323 aa  215  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0917977 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2497  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  42.86 
 
 		 323 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.24915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2194  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  41.72 
 
 		 323 aa  210  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1570  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  42.54 
 
 		 324 aa  208  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.43574  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4358  PDZ/DHR/GLGF domain protein  43.51 
 
 		 324 aa  203  5e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2159  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  42.68 
 
 		 325 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0222521 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1051  PDZ/DHR/GLGF domain protein  46.28 
 
 		 301 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00175075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3887  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  42.67 
 
 		 324 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.204863  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4255  PDZ/DHR/GLGF domain protein  42.67 
 
 		 324 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.730819 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1117  PDZ/DHR/GLGF  40.95 
 
 		 321 aa  199  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0129707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0797  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  40 
 
 		 326 aa  199  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0744  trypsin-like serine protease  41.08 
 
 		 323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5059  PDZ/DHR/GLGF domain protein  40.94 
 
 		 321 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3491  PDZ/DHR/GLGF  41.99 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1014  PDZ/DHR/GLGF  40.82 
 
 		 321 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4304  PDZ/DHR/GLGF  41.55 
 
 		 323 aa  187  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.328087  normal  0.0388954 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2022  protease Do  30.66 
 
 		 459 aa  87  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.303504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0943  protease Do  26.5 
 
 		 491 aa  85.5  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.250261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0704  protease Do  29.13 
 
 		 500 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762947  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2158  2-alkenal reductase  27.61 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1086  protease Do  28.74 
 
 		 501 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0760064 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5561  peptidase S1C, Do  27.57 
 
 		 488 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4790  protease Do  28.72 
 
 		 511 aa  81.6  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.914829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2346  peptidase S1C, Do  29.13 
 
 		 496 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.466246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3911  protease Do  29.69 
 
 		 485 aa  80.9  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5124  protease Do  28.26 
 
 		 496 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.38057 
 
 
-
 
NC_002978  WD0833  protease DO  23.69 
 
 		 497 aa  77.8  0.0000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0653734  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03179  serine protease DegS  26.4 
 
 		 356 aa  77.8  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00219813  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6094  putative Serine protease do-like precursor  26.04 
 
 		 498 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1733  protease Do  26.48 
 
 		 522 aa  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  hitchhiker  0.00274873 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1135  protease Do  27.4 
 
 		 535 aa  77  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4347  serine protease DegS  23.17 
 
 		 356 aa  76.6  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  25.09 
 
 		 464 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2778  protease Do  29.92 
 
 		 511 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.725165  normal  0.242961 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2725  peptidase S1C, Do  27.4 
 
 		 497 aa  76.3  0.0000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2013  protease Do  28.96 
 
 		 524 aa  75.5  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1317  protease Do  26.86 
 
 		 508 aa  75.9  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278198  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3776  PDZ/DHR/GLGF  28.67 
 
 		 483 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2656  protease Do  29.53 
 
 		 511 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.419635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2883  protease Do  29.53 
 
 		 511 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0606  protease Do  26.48 
 
 		 523 aa  74.3  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0210206 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0590  2-alkenal reductase  27.17 
 
 		 453 aa  74.3  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000722472  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0618  hypothetical protein  27.45 
 
 		 503 aa  73.9  0.000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2201  peptidase S1C, Do  24.31 
 
 		 508 aa  73.9  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3516  protease Do  26.39 
 
 		 537 aa  73.6  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.277095 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0261  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  25.45 
 
 		 396 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0105515  hitchhiker  0.00601319 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0859  peptidase S1C, Do  25.52 
 
 		 477 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.078917  normal  0.0183856 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1003  peptidase S1C, Do  25.52 
 
 		 477 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0749587  normal  0.0653423 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1058  periplasmic protease signal peptide protein  27.21 
 
 		 505 aa  73.2  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.200885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  26.38 
 
 		 457 aa  72.8  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3784  protease Do  26.22 
 
 		 492 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4861  protease Do  26.22 
 
 		 492 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.837631 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0763  protease Do  26.32 
 
 		 501 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2256  peptidase S1C, Do  28.57 
 
 		 498 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07340  trypsin-like serine protease with C-terminal PDZ domain  28.95 
 
 		 552 aa  72.4  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.191801 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2877  2-alkenal reductase  25.71 
 
 		 402 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4529  protease Do  27.95 
 
 		 516 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.366084 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1052  serine protease  25.34 
 
 		 471 aa  72.4  0.00000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.72618  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1661  protease Do  24.31 
 
 		 498 aa  72.4  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2422  peptidase S1C, Do  28.62 
 
 		 501 aa  72.4  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3219  HtrA2 peptidase  25.71 
 
 		 402 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.228684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5254  2-alkenal reductase  24.44 
 
 		 395 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2404  2-alkenal reductase  25.58 
 
 		 350 aa  72.8  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.993946  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2624  protease Do  27.11 
 
 		 490 aa  72  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2174  protease Do  26.24 
 
 		 490 aa  72  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.281026 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  25.98 
 
 		 502 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5428  protease Do  27.82 
 
 		 508 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.025142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3620  multifunctional serine-type endopeptidase /oxidoreductase  25.61 
 
 		 487 aa  71.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3298  peptidase S1C, Do  26.87 
 
 		 511 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4002  protease Do  26.56 
 
 		 501 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  26.38 
 
 		 458 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5157  protease Do  26.45 
 
 		 503 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0527663 
 
 
-
 
NC_003296  RS02108  protease signal peptide protein  26.25 
 
 		 490 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5235  protease Do  26.45 
 
 		 501 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2903  protease Do  26.6 
 
 		 505 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.580104  normal  0.459508 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4242  peptidase S1C, Do  25.89 
 
 		 500 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  26.27 
 
 		 476 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0752  2-alkenal reductase  25.68 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0327336 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2247  ATPase  27.24 
 
 		 464 aa  71.2  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000505452  normal  0.0343548 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3827  protease Do  26.91 
 
 		 496 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4692  protease Do  26.45 
 
 		 503 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.601387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3271  protease Do  27.66 
 
 		 476 aa  70.9  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.168434 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3259  peptidase S1C, Do  26.95 
 
 		 497 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.324344  normal  0.259222 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  26.61 
 
 		 487 aa  70.9  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1115  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  25.25 
 
 		 442 aa  70.9  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0193596  normal  0.0193298 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5351  serine protease  24.07 
 
 		 391 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000264065  hitchhiker  6.04762e-16 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0816  periplasmic serine protease  27.78 
 
 		 462 aa  70.9  0.00000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0094905  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5584  serine protease  24.69 
 
 		 391 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5265  protease Do  26.41 
 
 		 498 aa  70.5  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1454  2-alkenal reductase  27.08 
 
 		 409 aa  70.5  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00925037  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5610  serine protease  24.44 
 
 		 381 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5142  serine protease  24.2 
 
 		 391 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5645  serine protease  24.44 
 
 		 391 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0281098  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4136  protease Do  26.45 
 
 		 496 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0554  PDZ/DHR/GLGF  24.69 
 
 		 328 aa  70.1  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00992555  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  24.8 
 
 		 466 aa  70.1  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>