More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5059 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5059  PDZ/DHR/GLGF domain protein  100 
 
 		 321 aa  635    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1117  PDZ/DHR/GLGF  87.54 
 
 		 321 aa  570  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0129707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1014  PDZ/DHR/GLGF  85.98 
 
 		 321 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1107  putative serine protease  71.52 
 
 		 323 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0917977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4304  PDZ/DHR/GLGF  74.92 
 
 		 323 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.328087  normal  0.0388954 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3491  PDZ/DHR/GLGF  73.07 
 
 		 323 aa  467  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0744  trypsin-like serine protease  67.49 
 
 		 323 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2194  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  60.37 
 
 		 323 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2497  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  60.06 
 
 		 323 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.24915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1570  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  58.95 
 
 		 324 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.43574  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4358  PDZ/DHR/GLGF domain protein  58.33 
 
 		 324 aa  371  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3887  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  56.79 
 
 		 324 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.204863  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4255  PDZ/DHR/GLGF domain protein  56.79 
 
 		 324 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.730819 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0797  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  54.69 
 
 		 326 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2159  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  55.35 
 
 		 325 aa  322  6e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0222521 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0906  PDZ/DHR/GLGF domain protein  52.96 
 
 		 301 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0997368  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1051  PDZ/DHR/GLGF domain protein  53.62 
 
 		 301 aa  285  8e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00175075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0666  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  40.94 
 
 		 384 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1129  putative serine protease  39 
 
 		 355 aa  192  5e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247199  normal  0.0306417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3720  PDZ/DHR/GLGF  37.34 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.285771  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4790  protease Do  32.93 
 
 		 511 aa  98.2  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.914829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03178  protease DO  28.28 
 
 		 446 aa  92  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0459704  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2256  peptidase S1C, Do  29.33 
 
 		 498 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6606  HtrA2 peptidase  27.21 
 
 		 393 aa  89  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.211294  normal  0.127864 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0494  peptidase S1C, Do  29.85 
 
 		 506 aa  87.4  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1135  protease Do  29.83 
 
 		 535 aa  86.7  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0816  periplasmic serine protease  30.25 
 
 		 462 aa  86.3  7e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0094905  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0410  protease Do  29.3 
 
 		 474 aa  85.9  8e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.134213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1365  peptidase S1C, Do  29.89 
 
 		 482 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0859447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  29.21 
 
 		 487 aa  83.6  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0747  2-alkenal reductase  27.98 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0721582  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0905  protease Do  28.36 
 
 		 502 aa  83.2  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2422  peptidase S1C, Do  29.06 
 
 		 501 aa  82.8  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1855  protease Do  28.17 
 
 		 504 aa  82.4  0.000000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.19147  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0553  protease Do  26.21 
 
 		 456 aa  82  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000923563  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3670  serine endoprotease  27.48 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.932831  normal  0.311262 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0209  protease Do  26.42 
 
 		 517 aa  80.9  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0976741 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  28.46 
 
 		 466 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2211  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  27.7 
 
 		 412 aa  80.9  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0701  serine endoprotease  27.74 
 
 		 496 aa  80.5  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1115  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  29.83 
 
 		 442 aa  80.1  0.00000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0193596  normal  0.0193298 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  28.86 
 
 		 458 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1565  protease Do  28.57 
 
 		 502 aa  79.7  0.00000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000901531  hitchhiker  0.00330598 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1784  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  28.29 
 
 		 385 aa  79.7  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.98033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2046  protease Do  28.68 
 
 		 525 aa  79.7  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.858833  normal  0.0343309 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  29.27 
 
 		 464 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2022  protease Do  30.77 
 
 		 459 aa  79.7  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.303504 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  28.86 
 
 		 457 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2895  2-alkenal reductase  28.07 
 
 		 389 aa  79.3  0.00000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.253415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0308  protease Do  28.03 
 
 		 481 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.582048 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  29.67 
 
 		 464 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4346  serine protease DegP  26.9 
 
 		 459 aa  79  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0589016  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1733  protease Do  27.07 
 
 		 522 aa  79  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  hitchhiker  0.00274873 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1673  protease Do  28.03 
 
 		 505 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0684799  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0295  serine endoprotease  24.84 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.11655  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0366  2-alkenal reductase  24.81 
 
 		 401 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.850857  normal  0.376935 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0357  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  24.81 
 
 		 401 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12639  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0418  2-alkenal reductase  24.81 
 
 		 401 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163437 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1070  protease Do  28.79 
 
 		 479 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1580  2-alkenal reductase  29.22 
 
 		 443 aa  78.2  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0204264 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3537  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  24.81 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3611  serine endoprotease  27.89 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3646  serine endoprotease  27.89 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0246  serine endoprotease  26.64 
 
 		 475 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.561258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5949  HtrA2 peptidase  25.26 
 
 		 512 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510006  normal  0.029563 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3540  serine endoprotease  27.89 
 
 		 451 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0232  serine endoprotease  26.64 
 
 		 475 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0586414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3298  peptidase S1C, Do  25.18 
 
 		 511 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3708  serine endoprotease  27.89 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0987273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2668  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  24.81 
 
 		 401 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0248  serine endoprotease  26.64 
 
 		 478 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3539  serine endoprotease  27.89 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0314705  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0230  serine endoprotease  26.64 
 
 		 478 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0229  serine endoprotease  26.64 
 
 		 475 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0439  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  24.81 
 
 		 401 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00160  serine endoprotease (protease Do), membrane-associated  26.28 
 
 		 474 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0166  serine endoprotease  26.28 
 
 		 474 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3441  protease Do  26.28 
 
 		 474 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2179  protease Do  28.74 
 
 		 494 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2346  peptidase S1C, Do  28.24 
 
 		 496 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.466246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0704  protease Do  29.25 
 
 		 500 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762947  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2201  peptidase S1C, Do  29.24 
 
 		 508 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3498  serine endoprotease  26.28 
 
 		 474 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0817  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  25.43 
 
 		 384 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2857  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.81 
 
 		 394 aa  77.4  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.122647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1086  protease Do  29.08 
 
 		 501 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0760064 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0154  serine endoprotease  26.28 
 
 		 474 aa  77.4  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0165  serine endoprotease  26.28 
 
 		 474 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1070  2-alkenal reductase  29.17 
 
 		 393 aa  77  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000016371  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0769  endopeptidase  25.18 
 
 		 451 aa  77  0.0000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0171  serine endoprotease  26.28 
 
 		 474 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3784  protease Do  26.43 
 
 		 492 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5515  2-alkenal reductase  27.24 
 
 		 383 aa  77  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0600  PDZ/DHR/GLGF  28.37 
 
 		 353 aa  77  0.0000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4861  protease Do  26.43 
 
 		 492 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.837631 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3640  peptidase S1C, Do  27 
 
 		 487 aa  77  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.316615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0837  protease Do  26.62 
 
 		 502 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1196  protease Do  25.18 
 
 		 451 aa  77  0.0000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5428  protease Do  29.21 
 
 		 508 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.025142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1270  serine protease  27.94 
 
 		 442 aa  76.6  0.0000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.000000000000478038  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>