More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4304 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4304  PDZ/DHR/GLGF  100 
 
 		 323 aa  647    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.328087  normal  0.0388954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5059  PDZ/DHR/GLGF domain protein  74.92 
 
 		 321 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1117  PDZ/DHR/GLGF  76.16 
 
 		 321 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0129707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1014  PDZ/DHR/GLGF  75.23 
 
 		 321 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1107  putative serine protease  70.9 
 
 		 323 aa  488  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0917977 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3491  PDZ/DHR/GLGF  76.47 
 
 		 323 aa  489  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0744  trypsin-like serine protease  70.59 
 
 		 323 aa  483  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1570  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  58.02 
 
 		 324 aa  378  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.43574  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2194  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  58.02 
 
 		 323 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0797  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  57.99 
 
 		 326 aa  374  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2497  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  58.49 
 
 		 323 aa  369  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.24915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4358  PDZ/DHR/GLGF domain protein  56.92 
 
 		 324 aa  360  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4255  PDZ/DHR/GLGF domain protein  54.4 
 
 		 324 aa  351  1e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.730819 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3887  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  54.4 
 
 		 324 aa  351  1e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.204863  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0906  PDZ/DHR/GLGF domain protein  54.61 
 
 		 301 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0997368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2159  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  52.52 
 
 		 325 aa  309  4e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0222521 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1051  PDZ/DHR/GLGF domain protein  54.61 
 
 		 301 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00175075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0666  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  42.28 
 
 		 384 aa  190  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1129  putative serine protease  39.67 
 
 		 355 aa  187  2e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247199  normal  0.0306417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3720  PDZ/DHR/GLGF  38.19 
 
 		 354 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.285771  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03178  protease DO  27.96 
 
 		 446 aa  89.7  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0459704  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4790  protease Do  29.66 
 
 		 511 aa  89.4  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.914829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0600  PDZ/DHR/GLGF  29.33 
 
 		 353 aa  88.2  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0817  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  26.09 
 
 		 384 aa  85.9  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4323  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  28.06 
 
 		 405 aa  84.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16121  trypsin-like serine protease  27.84 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2179  protease Do  28.84 
 
 		 494 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0905  protease Do  27.88 
 
 		 502 aa  84  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1216  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  25.99 
 
 		 401 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1733  protease Do  29.45 
 
 		 522 aa  83.6  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  hitchhiker  0.00274873 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1776  2-alkenal reductase  28.97 
 
 		 411 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.753058 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2417  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  29.14 
 
 		 392 aa  82  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0358901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4416  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  28.26 
 
 		 410 aa  82  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.464298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0709  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  25.42 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.675227 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2221  protease Do  28.68 
 
 		 488 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.370789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2497  protease Do  28.68 
 
 		 488 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0220  protease Do  27.54 
 
 		 481 aa  80.5  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.850727  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0250  heat shock protein  27.64 
 
 		 481 aa  80.5  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0553  protease Do  27.14 
 
 		 456 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000923563  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0494  peptidase S1C, Do  28.27 
 
 		 506 aa  80.5  0.00000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0410  protease Do  27.37 
 
 		 474 aa  80.1  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.134213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2857  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  27.74 
 
 		 394 aa  80.5  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.122647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2072  PDZ/DHR/GLGF  27.78 
 
 		 366 aa  79.7  0.00000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0519  serine endoprotease  25.68 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03424  protease do  26.22 
 
 		 478 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1139  serine endoprotease  25.68 
 
 		 362 aa  79.3  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.46983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0455  serine endoprotease  25.68 
 
 		 362 aa  79.3  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000102083  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1784  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  27.11 
 
 		 385 aa  79.3  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.98033  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3943  protease DegS  26.82 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1565  protease Do  27.88 
 
 		 502 aa  79  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000901531  hitchhiker  0.00330598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0675  DegS serine peptidase  27.24 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601071 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2990  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.8 
 
 		 428 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0267  protease Do  26.92 
 
 		 477 aa  78.2  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.326354  normal  0.464292 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0747  2-alkenal reductase  27.39 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0721582  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3272  DegS serine peptidase  27.24 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.581371  hitchhiker  0.00106456 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1651  protease Do  30.24 
 
 		 492 aa  77.4  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.3942  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0456  protease DegQ  27.64 
 
 		 457 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000901384  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0288  serine endoprotease  24.22 
 
 		 370 aa  77  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.275018  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0520  protease Do  27.64 
 
 		 457 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0469168  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3363  periplasmic serine protease DegS  28.62 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120953  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1518  protease Do  28.29 
 
 		 504 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.77603  normal  0.157004 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0743  2-alkenal reductase  28.41 
 
 		 361 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.107193  normal  0.305104 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0585  PDZ/DHR/GLGF  25.55 
 
 		 406 aa  76.6  0.0000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000357237  normal  0.0103671 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2211  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  25.17 
 
 		 412 aa  76.6  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0689  DegS serine peptidase  27.24 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0549825  hitchhiker  0.000493421 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1137  protease  27.64 
 
 		 463 aa  76.6  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0382173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0720  periplasmic serine protease DegS  26.49 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00253499 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3655  periplasmic serine protease DegS  26.49 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00040355  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0729  periplasmic serine protease DegS  26.49 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.206097  normal  0.0822634 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0476  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  30.31 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.236131  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0816  periplasmic serine protease  28.06 
 
 		 462 aa  76.3  0.0000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0094905  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0699  periplasmic serine protease DegS  26.49 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04311  trypsin-like serine protease  28.32 
 
 		 362 aa  76.3  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3784  protease Do  27.1 
 
 		 492 aa  76.3  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3611  serine endoprotease  28.21 
 
 		 455 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1196  protease Do  25.75 
 
 		 451 aa  75.9  0.0000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4861  protease Do  27.1 
 
 		 492 aa  76.3  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.837631 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3362  protease Do  25.7 
 
 		 449 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0172053  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3539  serine endoprotease  28.21 
 
 		 455 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0314705  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3540  serine endoprotease  28.21 
 
 		 451 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4226  periplasmic serine protease DegS  28.62 
 
 		 361 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  hitchhiker  0.000290444 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2201  peptidase S1C, Do  27.01 
 
 		 508 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3708  serine endoprotease  28.21 
 
 		 455 aa  75.9  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0987273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2895  2-alkenal reductase  26.62 
 
 		 389 aa  75.1  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.253415  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3357  serine protease  24.13 
 
 		 413 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000249985  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3307  serine protease  24.13 
 
 		 413 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0235916  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0342  2-alkenal reductase  23.76 
 
 		 402 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.35857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3598  protease Do  26.62 
 
 		 451 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133395  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3709  serine endoprotease  24.31 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.650789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3660  serine protease  24.13 
 
 		 413 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000590944  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3540  serine endoprotease  24.31 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0189154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1718  protease Do  26.59 
 
 		 471 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0759509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3611  serine protease HtrA  24.13 
 
 		 413 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.83857e-25 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3541  serine endoprotease  24.31 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3647  serine endoprotease  24.31 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0769  endopeptidase  25.75 
 
 		 451 aa  75.5  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3073  serine protease  27.68 
 
 		 449 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0102381  normal  0.200966 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  27.6 
 
 		 487 aa  75.5  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16701  trypsin-like serine protease  28 
 
 		 376 aa  75.5  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01581  serine protease  26.83 
 
 		 392 aa  75.5  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>