More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1117 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1117  PDZ/DHR/GLGF  100 
 
 		 321 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0129707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1014  PDZ/DHR/GLGF  87.23 
 
 		 321 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5059  PDZ/DHR/GLGF domain protein  87.54 
 
 		 321 aa  570  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1107  putative serine protease  69.66 
 
 		 323 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0917977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4304  PDZ/DHR/GLGF  76.16 
 
 		 323 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.328087  normal  0.0388954 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3491  PDZ/DHR/GLGF  73.37 
 
 		 323 aa  467  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0744  trypsin-like serine protease  66.56 
 
 		 323 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2194  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  62.23 
 
 		 323 aa  404  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2497  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  60.06 
 
 		 323 aa  381  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.24915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4358  PDZ/DHR/GLGF domain protein  58.33 
 
 		 324 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1570  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  58.33 
 
 		 324 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.43574  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4255  PDZ/DHR/GLGF domain protein  57.41 
 
 		 324 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.730819 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3887  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  57.41 
 
 		 324 aa  369  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.204863  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0797  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  54.37 
 
 		 326 aa  352  5e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0906  PDZ/DHR/GLGF domain protein  53.8 
 
 		 301 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0997368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2159  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  53.46 
 
 		 325 aa  309  4e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0222521 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1051  PDZ/DHR/GLGF domain protein  54.13 
 
 		 301 aa  294  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00175075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0666  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  40.95 
 
 		 384 aa  199  7e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1129  putative serine protease  38.71 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247199  normal  0.0306417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3720  PDZ/DHR/GLGF  37.22 
 
 		 354 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.285771  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2046  protease Do  29.24 
 
 		 525 aa  92.4  8e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.858833  normal  0.0343309 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4790  protease Do  28.05 
 
 		 511 aa  92  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.914829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03178  protease DO  28.28 
 
 		 446 aa  89.7  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0459704  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0816  periplasmic serine protease  29.89 
 
 		 462 aa  85.9  8e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0094905  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2256  peptidase S1C, Do  27.24 
 
 		 498 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0817  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  26.12 
 
 		 384 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0701  serine endoprotease  28.26 
 
 		 496 aa  83.6  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0747  2-alkenal reductase  27.89 
 
 		 385 aa  83.2  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0721582  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5949  HtrA2 peptidase  27.24 
 
 		 512 aa  83.2  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510006  normal  0.029563 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2857  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  29.46 
 
 		 394 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.122647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0209  protease Do  26.53 
 
 		 517 aa  82.4  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0976741 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0905  protease Do  26.79 
 
 		 502 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0709  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  24.65 
 
 		 388 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.675227 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0248  serine endoprotease  26.64 
 
 		 478 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0230  serine endoprotease  26.64 
 
 		 478 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0246  serine endoprotease  26.64 
 
 		 475 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.561258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0232  serine endoprotease  26.64 
 
 		 475 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0586414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0229  serine endoprotease  26.64 
 
 		 475 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1365  peptidase S1C, Do  27.76 
 
 		 482 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0859447  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00160  serine endoprotease (protease Do), membrane-associated  26.49 
 
 		 474 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3441  protease Do  26.49 
 
 		 474 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4346  serine protease DegP  27.59 
 
 		 459 aa  80.5  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0589016  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0154  serine endoprotease  26.49 
 
 		 474 aa  80.5  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3498  serine endoprotease  26.49 
 
 		 474 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3540  serine endoprotease  28.76 
 
 		 451 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3646  serine endoprotease  28.76 
 
 		 455 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3096  serine endoprotease  26.86 
 
 		 485 aa  80.1  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.916772  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00159  hypothetical protein  25.94 
 
 		 474 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0165  serine endoprotease  26.49 
 
 		 474 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3539  serine endoprotease  28.76 
 
 		 455 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0314705  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3708  serine endoprotease  28.76 
 
 		 455 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0987273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0166  serine endoprotease  26.49 
 
 		 474 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3611  serine endoprotease  28.76 
 
 		 455 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0173  serine endoprotease  26.49 
 
 		 474 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0600  PDZ/DHR/GLGF  29.08 
 
 		 353 aa  79.7  0.00000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0171  serine endoprotease  26.49 
 
 		 474 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1135  protease Do  27.34 
 
 		 535 aa  79.3  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5515  2-alkenal reductase  26.29 
 
 		 383 aa  79.3  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2200  serine protease  27.24 
 
 		 442 aa  79  0.00000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.550757  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1784  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  26.29 
 
 		 385 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.98033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0789  serine endoprotease  26.76 
 
 		 476 aa  79  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.290182 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2211  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  26.62 
 
 		 412 aa  78.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1181  serine endoprotease  27.21 
 
 		 487 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  28.51 
 
 		 458 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0494  peptidase S1C, Do  26.04 
 
 		 506 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2895  2-alkenal reductase  26.67 
 
 		 389 aa  77.8  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.253415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3272  DegS serine peptidase  28.19 
 
 		 360 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.581371  hitchhiker  0.00106456 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  25.47 
 
 		 487 aa  77.8  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1726  protease Do  26.27 
 
 		 513 aa  77  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  28.85 
 
 		 502 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  28.51 
 
 		 457 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12950  Htr-like protease  30.24 
 
 		 383 aa  77.4  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3298  peptidase S1C, Do  25.9 
 
 		 511 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1651  protease Do  31.33 
 
 		 492 aa  77.4  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.3942  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0675  DegS serine peptidase  28.52 
 
 		 360 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601071 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2022  protease Do  26.49 
 
 		 459 aa  77.4  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.303504 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2700  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.62 
 
 		 387 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.885449  hitchhiker  0.000142466 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3943  protease DegS  29.19 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0166  periplasmic serine protease  25.1 
 
 		 473 aa  77  0.0000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.358427  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2959  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  27.34 
 
 		 380 aa  77  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.528569  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0410  protease Do  26.02 
 
 		 474 aa  77  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.134213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0553  protease Do  26.21 
 
 		 456 aa  77  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000923563  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1565  protease Do  26.83 
 
 		 502 aa  77  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000901531  hitchhiker  0.00330598 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2667  exported serine protease  26.83 
 
 		 455 aa  76.6  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0124774  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1855  protease Do  25.3 
 
 		 504 aa  76.6  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.19147  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  28.93 
 
 		 464 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3167  DEAD/DEAH box helicase-like  26.2 
 
 		 384 aa  76.3  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3672  2-alkenal reductase  26.15 
 
 		 424 aa  76.3  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1285  periplasmic serine protease Do; heat shock protein HtrA  26.07 
 
 		 466 aa  75.9  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0689  DegS serine peptidase  28.52 
 
 		 360 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0549825  hitchhiker  0.000493421 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  27.4 
 
 		 476 aa  75.9  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4551  serine endoprotease  27.31 
 
 		 455 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00837947  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03094  serine endoprotease, periplasmic  27.31 
 
 		 455 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.587237  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0472  protease Do  27.31 
 
 		 455 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00978488  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00878  protease  27.53 
 
 		 455 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2024  peptidase S1C, Do  24.92 
 
 		 473 aa  75.5  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3530  serine endoprotease  27.31 
 
 		 455 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00269541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0769  endopeptidase  26.15 
 
 		 451 aa  75.5  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0520  protease Do  27.68 
 
 		 457 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0469168  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0472  serine endoprotease  27.31 
 
 		 455 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0649674  normal  0.0819783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>