More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4275 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  94.45 
 
 		 682 aa  1302    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  95.91 
 
 		 680 aa  1325    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 685 aa  1393    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  55.92 
 
 		 698 aa  688    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  55.92 
 
 		 698 aa  687    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  55.92 
 
 		 751 aa  687    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  50.44 
 
 		 727 aa  651    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  70.23 
 
 		 687 aa  973    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  55.92 
 
 		 751 aa  687    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  54.76 
 
 		 724 aa  722    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  55.4 
 
 		 694 aa  727    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  55.92 
 
 		 681 aa  689    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  53.59 
 
 		 692 aa  727    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  55.65 
 
 		 725 aa  685    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  49.41 
 
 		 719 aa  639    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  55.1 
 
 		 742 aa  720    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  55.29 
 
 		 677 aa  724    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  92.99 
 
 		 681 aa  1291    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  53.8 
 
 		 693 aa  733    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  55.92 
 
 		 681 aa  689    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  69.65 
 
 		 687 aa  970    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  55.1 
 
 		 677 aa  720    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  55.92 
 
 		 698 aa  687    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  45.56 
 
 		 694 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  45.12 
 
 		 685 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  43.62 
 
 		 727 aa  513  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  43.59 
 
 		 713 aa  502  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  44.33 
 
 		 702 aa  505  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  38.55 
 
 		 744 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  36.54 
 
 		 706 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  37.6 
 
 		 702 aa  394  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  34.39 
 
 		 734 aa  370  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  35.04 
 
 		 758 aa  369  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  34.6 
 
 		 758 aa  363  4e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  34.6 
 
 		 758 aa  363  7.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  34.6 
 
 		 758 aa  362  9e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  35.17 
 
 		 758 aa  362  1e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 		 689 aa  361  2e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  35.4 
 
 		 689 aa  359  9.999999999999999e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  35.42 
 
 		 681 aa  356  6.999999999999999e-97  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  35.27 
 
 		 681 aa  355  1e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  35.84 
 
 		 600 aa  355  1e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  34.66 
 
 		 693 aa  341  2.9999999999999998e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  35.64 
 
 		 705 aa  340  5.9999999999999996e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  34.42 
 
 		 695 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  35.36 
 
 		 709 aa  337  5.999999999999999e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 682 aa  333  8e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 		 821 aa  332  1e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 709 aa  331  3e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 730 aa  330  7e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  32.06 
 
 		 801 aa  320  3.9999999999999996e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  32.64 
 
 		 751 aa  319  9e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 		 699 aa  319  9e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  31.22 
 
 		 835 aa  318  2e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  33.38 
 
 		 685 aa  311  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  32.5 
 
 		 709 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 705 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  33.73 
 
 		 714 aa  301  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  33.63 
 
 		 719 aa  300  5e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  33.58 
 
 		 719 aa  300  8e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  31.62 
 
 		 797 aa  298  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  32.61 
 
 		 714 aa  297  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  32.25 
 
 		 676 aa  295  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  29.47 
 
 		 778 aa  294  4e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  31 
 
 		 695 aa  293  6e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  32.39 
 
 		 707 aa  291  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  31.68 
 
 		 731 aa  279  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  31.68 
 
 		 723 aa  279  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 784 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 		 702 aa  271  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  31.54 
 
 		 708 aa  271  2.9999999999999997e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 789 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 784 aa  266  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  31.04 
 
 		 774 aa  265  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  28.94 
 
 		 744 aa  259  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 		 783 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  30.35 
 
 		 782 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 733 aa  234  4.0000000000000004e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 799 aa  224  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 766 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 759 aa  182  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 763 aa  156  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 735 aa  146  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1938  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 801 aa  141  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  33.88 
 
 		 836 aa  136  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2339  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 797 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.608898  normal  0.596694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  21.81 
 
 		 776 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  38.24 
 
 		 249 aa  117  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1480  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 776 aa  116  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.329669  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1572  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 780 aa  113  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0693034  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 698 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  34.55 
 
 		 868 aa  103  7e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4561  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 824 aa  101  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0251417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2015  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 732 aa  99  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  22.62 
 
 		 698 aa  93.6  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 		 730 aa  85.9  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  23.85 
 
 		 775 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  23.7 
 
 		 687 aa  83.2  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  23.8 
 
 		 693 aa  82.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3709  outer membrane receptor protein  23.64 
 
 		 776 aa  82.4  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0256653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>