More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4331 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  54.89 
 
 		 680 aa  726    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 677 aa  1367    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  78.87 
 
 		 698 aa  1028    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  76.88 
 
 		 681 aa  1036    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  53.81 
 
 		 727 aa  687    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  78.87 
 
 		 751 aa  1031    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  58.05 
 
 		 687 aa  767    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  94.09 
 
 		 692 aa  1290    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  54.78 
 
 		 685 aa  723    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  78.23 
 
 		 725 aa  1034    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  88.77 
 
 		 724 aa  1209    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  52.77 
 
 		 719 aa  668    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  94.24 
 
 		 742 aa  1283    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  54.74 
 
 		 682 aa  723    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  78.87 
 
 		 751 aa  1030    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  78.71 
 
 		 698 aa  1026    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  97.9 
 
 		 693 aa  1315    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  57.89 
 
 		 687 aa  766    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  94.24 
 
 		 677 aa  1283    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  54.68 
 
 		 681 aa  731    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  78.87 
 
 		 698 aa  1028    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  94.68 
 
 		 694 aa  1287    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  76.88 
 
 		 681 aa  1036    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  44.62 
 
 		 694 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  44.41 
 
 		 685 aa  520  1e-146  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  44.36 
 
 		 702 aa  511  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  44.53 
 
 		 713 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  42.98 
 
 		 727 aa  503  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  38.52 
 
 		 702 aa  389  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  34.66 
 
 		 758 aa  360  6e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 706 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  33.33 
 
 		 758 aa  352  1e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  33.19 
 
 		 758 aa  350  5e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  33.19 
 
 		 758 aa  350  5e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 744 aa  348  2e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  33.04 
 
 		 758 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  34.83 
 
 		 689 aa  343  4e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  34.73 
 
 		 734 aa  333  4e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  33.63 
 
 		 689 aa  333  8e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  35.2 
 
 		 705 aa  317  5e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 695 aa  308  2.0000000000000002e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  33.93 
 
 		 714 aa  307  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  32.62 
 
 		 681 aa  305  2.0000000000000002e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  32.62 
 
 		 681 aa  304  3.0000000000000004e-81  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  33.88 
 
 		 707 aa  301  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 682 aa  300  8e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  33.03 
 
 		 676 aa  295  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 821 aa  295  3e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  31.11 
 
 		 709 aa  293  8e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 		 709 aa  293  9e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 705 aa  292  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  33.14 
 
 		 695 aa  291  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  33.24 
 
 		 693 aa  290  4e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 		 685 aa  290  6e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  32.33 
 
 		 730 aa  286  7e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 835 aa  286  8e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  32.16 
 
 		 699 aa  286  8e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  33.69 
 
 		 702 aa  286  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 751 aa  282  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  28.75 
 
 		 801 aa  280  7e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  34.63 
 
 		 719 aa  279  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 719 aa  278  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  34.48 
 
 		 714 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  32.06 
 
 		 600 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  30.41 
 
 		 709 aa  271  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  31.23 
 
 		 723 aa  270  8e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  31.62 
 
 		 731 aa  269  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  28.03 
 
 		 778 aa  256  1.0000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  30.96 
 
 		 774 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  29.15 
 
 		 744 aa  254  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 		 708 aa  252  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  29.99 
 
 		 784 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 		 783 aa  249  9e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 		 784 aa  249  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  30.44 
 
 		 799 aa  246  6.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  30.25 
 
 		 782 aa  244  3.9999999999999997e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 		 789 aa  236  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 797 aa  232  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 733 aa  223  9.999999999999999e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 766 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 759 aa  163  9e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 763 aa  147  5e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 735 aa  142  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  39.89 
 
 		 249 aa  130  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2015  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 732 aa  127  9e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1938  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 801 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 836 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0204  TonB-dependent receptor  21.73 
 
 		 678 aa  97.4  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  32.42 
 
 		 868 aa  97.4  8e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 702 aa  94.4  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7106  TonB-dependent receptor  21.85 
 
 		 818 aa  90.5  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.385774  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  24.75 
 
 		 615 aa  89  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  24.76 
 
 		 724 aa  88.2  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 638 aa  87.4  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5070  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.82 
 
 		 762 aa  86.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565094  normal  0.157746 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0638  TonB-dependent copper receptor  24.1 
 
 		 753 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3808  TonB-dependent copper receptor  24.43 
 
 		 687 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.494445  normal  0.660377 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3292  TonB-dependent copper receptor  24.43 
 
 		 709 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.49865 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2368  TonB-dependent copper receptor  24.21 
 
 		 749 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468955  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2507  TonB-dependent copper receptor  24.3 
 
 		 745 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>