More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4869 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  59.66 
 
 		 799 aa  912    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 784 aa  1591    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  85.28 
 
 		 784 aa  1335    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  68.88 
 
 		 783 aa  1051    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  82.93 
 
 		 789 aa  1294    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  67.67 
 
 		 782 aa  1021    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  68.75 
 
 		 774 aa  1043    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  44.82 
 
 		 705 aa  593  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  43.86 
 
 		 714 aa  579  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  43.02 
 
 		 707 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  46.93 
 
 		 676 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  41.9 
 
 		 702 aa  575  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  45.79 
 
 		 719 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  43.38 
 
 		 723 aa  570  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  45.79 
 
 		 719 aa  570  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  45.22 
 
 		 714 aa  567  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  43.13 
 
 		 731 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  37.57 
 
 		 705 aa  384  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  30.8 
 
 		 680 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 		 681 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  30 
 
 		 687 aa  274  6e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  29.61 
 
 		 687 aa  274  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 727 aa  273  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 682 aa  273  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 685 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  31.52 
 
 		 681 aa  264  4e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 727 aa  258  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  30.86 
 
 		 694 aa  258  3e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 692 aa  256  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 694 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 742 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  31.17 
 
 		 681 aa  255  2.0000000000000002e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 677 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 719 aa  251  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 		 724 aa  250  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 		 695 aa  249  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 693 aa  249  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 702 aa  248  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 677 aa  247  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 		 689 aa  246  9e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 689 aa  242  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 		 725 aa  242  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.5 
 
 		 600 aa  242  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 698 aa  239  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 698 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 698 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  30.5 
 
 		 685 aa  239  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 751 aa  239  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 751 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 706 aa  239  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 681 aa  239  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 681 aa  239  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 713 aa  238  3e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 751 aa  231  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 734 aa  228  4e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 730 aa  219  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 835 aa  219  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 		 709 aa  219  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 693 aa  214  7e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 709 aa  212  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 821 aa  211  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 797 aa  211  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 695 aa  209  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  29.26 
 
 		 709 aa  208  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 744 aa  207  6e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 685 aa  203  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  28.01 
 
 		 758 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  27.87 
 
 		 758 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  26.54 
 
 		 801 aa  197  7e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  27.72 
 
 		 758 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  27.72 
 
 		 758 aa  196  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  28.47 
 
 		 758 aa  194  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 708 aa  188  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 733 aa  187  5e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 		 702 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  25.1 
 
 		 744 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 699 aa  184  5.0000000000000004e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 682 aa  171  7e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  35.14 
 
 		 778 aa  118  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 763 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  23.99 
 
 		 868 aa  108  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  34.44 
 
 		 249 aa  99.8  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 836 aa  90.1  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.84 
 
 		 859 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2015  TonB-dependent receptor  22.58 
 
 		 732 aa  79.3  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  42.55 
 
 		 730 aa  77.4  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 681 aa  76.6  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  36.46 
 
 		 680 aa  75.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  36.94 
 
 		 759 aa  70.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  32.03 
 
 		 776 aa  68.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 766 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1480  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 776 aa  67.8  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.329669  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  22.35 
 
 		 712 aa  67.4  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1366  tonB-linked outer membrane receptor  37.5 
 
 		 811 aa  67  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  31.19 
 
 		 775 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 615 aa  66.6  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1804  TonB-dependent receptor  31.4 
 
 		 683 aa  65.5  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0894155  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  32.76 
 
 		 665 aa  65.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3709  outer membrane receptor protein  35.09 
 
 		 776 aa  65.9  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 735 aa  65.9  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>