More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1978 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  46.51 
 
 		 751 aa  697    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  43.89 
 
 		 835 aa  698    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  100 
 
 		 801 aa  1648    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  51.55 
 
 		 797 aa  781    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  36.19 
 
 		 821 aa  525  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  38.32 
 
 		 706 aa  486  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  39.21 
 
 		 744 aa  469  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  34.99 
 
 		 758 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  34.62 
 
 		 758 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  34.74 
 
 		 758 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  34.37 
 
 		 758 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  34.62 
 
 		 758 aa  429  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  34 
 
 		 689 aa  365  2e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 		 689 aa  333  1e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 		 682 aa  331  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 		 719 aa  317  6e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 727 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 		 694 aa  305  3.0000000000000004e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 		 681 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 		 730 aa  302  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 680 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  31.48 
 
 		 687 aa  297  5e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 685 aa  296  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  31.62 
 
 		 687 aa  296  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 		 682 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 		 693 aa  294  5e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 695 aa  288  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  29.95 
 
 		 709 aa  287  5.999999999999999e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 751 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 698 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 751 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 681 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 698 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 681 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 698 aa  283  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 677 aa  280  7e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 692 aa  280  7e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 693 aa  280  7e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 694 aa  280  8e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 724 aa  278  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 		 742 aa  277  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 734 aa  277  7e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 677 aa  276  8e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 		 725 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  29.93 
 
 		 702 aa  273  8.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 709 aa  272  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 709 aa  271  4e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  26.52 
 
 		 778 aa  270  8.999999999999999e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 713 aa  264  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 		 685 aa  261  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 		 705 aa  258  3e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 727 aa  258  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  29 
 
 		 685 aa  256  9e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 702 aa  256  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  28.36 
 
 		 744 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 681 aa  249  1e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 733 aa  249  2e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  27.16 
 
 		 681 aa  248  3e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 695 aa  246  9.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 699 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  28.76 
 
 		 600 aa  240  8e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  28.81 
 
 		 707 aa  234  3e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 705 aa  228  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  28 
 
 		 676 aa  223  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  26.76 
 
 		 714 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 708 aa  222  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  26.69 
 
 		 719 aa  220  7.999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 719 aa  219  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  27.35 
 
 		 723 aa  218  5e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  27.48 
 
 		 731 aa  217  5e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  26.68 
 
 		 714 aa  208  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  26.38 
 
 		 774 aa  198  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 784 aa  197  7e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 783 aa  194  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  26.69 
 
 		 782 aa  189  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 799 aa  181  4e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 784 aa  181  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 789 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 702 aa  176  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  22.74 
 
 		 766 aa  173  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  36.68 
 
 		 868 aa  139  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  22.07 
 
 		 759 aa  137  8e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  41.46 
 
 		 249 aa  130  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 836 aa  123  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2339  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 797 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.608898  normal  0.596694 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1480  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 776 aa  112  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.329669  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  20.88 
 
 		 735 aa  100  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 776 aa  94.7  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 763 aa  87.4  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08651  hypothetical protein  20.85 
 
 		 799 aa  79.3  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.950762  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  20.64 
 
 		 730 aa  77.8  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 698 aa  77.4  0.0000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  26 
 
 		 748 aa  72.8  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1938  TonB-dependent receptor  22.2 
 
 		 801 aa  71.2  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  25.56 
 
 		 750 aa  70.5  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0074  heme receptor HutR  26.7 
 
 		 713 aa  67.8  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0136209  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2496  TonB-dependent siderophore receptor  27.96 
 
 		 785 aa  67  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  34.48 
 
 		 687 aa  63.5  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7106  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 818 aa  63.5  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.385774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  22.62 
 
 		 795 aa  60.1  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>