More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4568 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 776 aa  1608    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1938  TonB-dependent receptor  42.01 
 
 		 801 aa  637    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3709  outer membrane receptor protein  40.89 
 
 		 776 aa  577  1.0000000000000001e-163  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0204  TonB-dependent receptor  39.33 
 
 		 678 aa  487  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1572  TonB-dependent receptor  35.93 
 
 		 780 aa  464  1e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0693034  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08651  hypothetical protein  33.7 
 
 		 799 aa  412  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.950762  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 759 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 763 aa  264  4.999999999999999e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7106  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 818 aa  239  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.385774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 735 aa  221  3.9999999999999997e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4561  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 824 aa  211  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0251417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1366  tonB-linked outer membrane receptor  26.21 
 
 		 811 aa  195  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 730 aa  192  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2015  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 732 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 709 aa  144  8e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 685 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 682 aa  124  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 719 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  22.11 
 
 		 680 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  26.42 
 
 		 714 aa  122  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  26.28 
 
 		 719 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 		 681 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  21.81 
 
 		 685 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  25.07 
 
 		 709 aa  119  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 705 aa  110  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  22.45 
 
 		 685 aa  107  6e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 694 aa  107  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  24.24 
 
 		 714 aa  103  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 		 744 aa  102  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  26.17 
 
 		 676 aa  101  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 724 aa  100  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 733 aa  99.8  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  22.8 
 
 		 687 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 933 aa  96.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  27.35 
 
 		 801 aa  94.7  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 705 aa  94.7  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 698 aa  94.7  6e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  22.48 
 
 		 687 aa  94.4  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 706 aa  94  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  25.21 
 
 		 707 aa  91.7  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  20.9 
 
 		 758 aa  91.7  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  20.77 
 
 		 758 aa  90.5  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 751 aa  89  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 702 aa  89  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 835 aa  88.2  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 699 aa  88.2  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 821 aa  87.4  8e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  32.11 
 
 		 747 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 709 aa  85.9  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  32.84 
 
 		 681 aa  85.1  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 760 aa  85.1  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 		 681 aa  85.1  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 734 aa  83.6  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 727 aa  83.2  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 694 aa  80.9  0.00000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  22.99 
 
 		 774 aa  80.9  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 719 aa  80.5  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  30.17 
 
 		 760 aa  80.1  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0668  TonB-dependent receptor  31.4 
 
 		 757 aa  79  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.217902 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.72 
 
 		 614 aa  79.3  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.72 
 
 		 614 aa  78.2  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.52 
 
 		 614 aa  77.8  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 682 aa  77.4  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.53 
 
 		 614 aa  77.4  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.72 
 
 		 614 aa  77.4  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  27.66 
 
 		 778 aa  76.3  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 797 aa  76.3  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  24.71 
 
 		 758 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  28.26 
 
 		 776 aa  75.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  29.79 
 
 		 795 aa  76.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  25.43 
 
 		 758 aa  75.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  27.19 
 
 		 791 aa  75.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3446  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.33 
 
 		 717 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494808  decreased coverage  0.00031135 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 828 aa  75.9  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 		 692 aa  75.5  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 693 aa  75.5  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  36 
 
 		 731 aa  75.1  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2751  TonB-dependent receptor plug  33.49 
 
 		 722 aa  75.1  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.930878  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  36.49 
 
 		 723 aa  75.1  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 		 677 aa  75.1  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 677 aa  74.7  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 		 742 aa  74.7  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0300  TonB-dependent receptor plug  29.36 
 
 		 1079 aa  74.7  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.11238 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6729  TonB-dependent receptor plug  29.44 
 
 		 1036 aa  74.7  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1387  TonB-dependent receptor plug  30 
 
 		 1008 aa  73.6  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.840954  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 		 798 aa  73.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 		 698 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 751 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 		 681 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 751 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 		 698 aa  73.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 		 698 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 		 681 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1518  TonB-dependent receptor plug  32.56 
 
 		 727 aa  73.2  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 845 aa  72.4  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 725 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  29.17 
 
 		 782 aa  72.4  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0787  TonB-dependent receptor plug  30.47 
 
 		 1028 aa  72.4  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 713 aa  72.4  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4669  TonB-dependent copper receptor  22.89 
 
 		 713 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0923349  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>