More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4359 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  55.3 
 
 		 677 aa  723    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  96.63 
 
 		 680 aa  1314    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  55.75 
 
 		 681 aa  686    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  55.75 
 
 		 698 aa  685    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  51.48 
 
 		 727 aa  658    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  55.75 
 
 		 751 aa  686    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  94.74 
 
 		 685 aa  1311    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  53.88 
 
 		 692 aa  725    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 682 aa  1387    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  55.75 
 
 		 698 aa  684    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  56.27 
 
 		 725 aa  689    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  94.28 
 
 		 681 aa  1283    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  55.75 
 
 		 681 aa  686    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  70.4 
 
 		 687 aa  970    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  49.55 
 
 		 719 aa  637    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  55.27 
 
 		 742 aa  719    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  55.57 
 
 		 694 aa  726    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  54.24 
 
 		 693 aa  733    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  55.75 
 
 		 698 aa  685    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  69.66 
 
 		 687 aa  966    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  55.75 
 
 		 751 aa  686    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  55.27 
 
 		 677 aa  719    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  54.87 
 
 		 724 aa  720    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  46.17 
 
 		 694 aa  587  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  46.29 
 
 		 685 aa  545  1e-154  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  43.67 
 
 		 727 aa  518  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  43.49 
 
 		 713 aa  504  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  44.54 
 
 		 702 aa  504  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  39.34 
 
 		 744 aa  426  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  38.2 
 
 		 702 aa  400  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  36.39 
 
 		 706 aa  399  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  34.81 
 
 		 734 aa  375  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  35.34 
 
 		 758 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  34.9 
 
 		 758 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  34.9 
 
 		 758 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  34.9 
 
 		 758 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  35.47 
 
 		 758 aa  371  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  36.02 
 
 		 681 aa  369  1e-100  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  34.84 
 
 		 681 aa  368  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  35.89 
 
 		 689 aa  364  3e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  35.85 
 
 		 689 aa  361  3e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  35.22 
 
 		 600 aa  353  5.9999999999999994e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 		 693 aa  341  2.9999999999999998e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  35.45 
 
 		 705 aa  340  5e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  35.32 
 
 		 695 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  35.96 
 
 		 709 aa  337  2.9999999999999997e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  32.88 
 
 		 821 aa  335  2e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  32.55 
 
 		 682 aa  332  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  32.57 
 
 		 709 aa  331  3e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  32.91 
 
 		 730 aa  326  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  33.97 
 
 		 699 aa  322  9.999999999999999e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 751 aa  320  3.9999999999999996e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  31.67 
 
 		 801 aa  318  2e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  32.55 
 
 		 709 aa  311  2e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  31.12 
 
 		 835 aa  311  2.9999999999999997e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  33.63 
 
 		 705 aa  310  5e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  32.25 
 
 		 685 aa  308  2.0000000000000002e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  33.73 
 
 		 714 aa  303  7.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  33.63 
 
 		 719 aa  303  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  33.58 
 
 		 719 aa  302  1e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  33.04 
 
 		 714 aa  299  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  29.84 
 
 		 778 aa  297  5e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  32.84 
 
 		 676 aa  296  6e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  32.84 
 
 		 707 aa  296  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  31.84 
 
 		 797 aa  295  2e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 695 aa  292  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  32.11 
 
 		 723 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  32.11 
 
 		 731 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 784 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 789 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 702 aa  274  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 		 708 aa  273  7e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  30.37 
 
 		 784 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  31.52 
 
 		 774 aa  266  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  30.62 
 
 		 782 aa  262  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 		 783 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  28.57 
 
 		 744 aa  253  1e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 		 733 aa  239  8e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 799 aa  228  3e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 766 aa  187  7e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 759 aa  178  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 763 aa  161  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 735 aa  153  8.999999999999999e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1938  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 801 aa  147  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 836 aa  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2339  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 797 aa  135  3e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.608898  normal  0.596694 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  22.86 
 
 		 730 aa  126  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 776 aa  123  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  37.65 
 
 		 249 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1480  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 776 aa  109  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.329669  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 698 aa  108  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1572  TonB-dependent receptor  21.99 
 
 		 780 aa  108  4e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0693034  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  34.25 
 
 		 868 aa  104  7e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4561  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 824 aa  103  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0251417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2015  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 732 aa  100  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  22.37 
 
 		 698 aa  94.7  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0645  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.45 
 
 		 750 aa  91.3  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0446508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  23.68 
 
 		 775 aa  90.9  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  24.66 
 
 		 693 aa  86.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0204  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 		 678 aa  86.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>