More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4046 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  60.91 
 
 		 799 aa  913    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  71.78 
 
 		 774 aa  1032    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  85.82 
 
 		 784 aa  1375    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  70.22 
 
 		 783 aa  1078    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  83.31 
 
 		 784 aa  1334    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 789 aa  1591    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  70.09 
 
 		 782 aa  1042    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  48.21 
 
 		 705 aa  592  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  44.71 
 
 		 707 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  43.71 
 
 		 714 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  44.33 
 
 		 723 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  44.32 
 
 		 731 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  45.47 
 
 		 676 aa  569  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  41.83 
 
 		 702 aa  567  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  45.77 
 
 		 714 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  46.09 
 
 		 719 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  46.09 
 
 		 719 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  38.32 
 
 		 705 aa  392  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  31.7 
 
 		 727 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  30.86 
 
 		 680 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 682 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  30.55 
 
 		 681 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 685 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  29.67 
 
 		 687 aa  266  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  29.67 
 
 		 687 aa  264  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 727 aa  261  5.0000000000000005e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  31.59 
 
 		 719 aa  260  7e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  30.47 
 
 		 694 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 		 692 aa  250  7e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 694 aa  249  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 		 742 aa  248  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  29.38 
 
 		 681 aa  247  4.9999999999999997e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 677 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  29.52 
 
 		 681 aa  245  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  30.74 
 
 		 685 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  30.42 
 
 		 677 aa  244  5e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 		 724 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.93 
 
 		 600 aa  242  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  28.8 
 
 		 695 aa  242  2e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  31.11 
 
 		 689 aa  241  4e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 751 aa  241  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  30.25 
 
 		 693 aa  241  5e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 		 725 aa  240  6.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  30.45 
 
 		 698 aa  240  8e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 698 aa  240  9e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 681 aa  240  9e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 681 aa  240  9e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  30.21 
 
 		 751 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 		 698 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 689 aa  238  2e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 702 aa  237  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 706 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 713 aa  226  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 751 aa  225  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 709 aa  217  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 734 aa  214  4.9999999999999996e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 835 aa  212  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 797 aa  206  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 730 aa  204  5e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 709 aa  203  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 685 aa  200  7.999999999999999e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  27.95 
 
 		 758 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  27.8 
 
 		 758 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  27.13 
 
 		 709 aa  196  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  27.95 
 
 		 758 aa  196  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  27.66 
 
 		 758 aa  194  5e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 693 aa  194  5e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 		 821 aa  194  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 744 aa  193  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 695 aa  191  5e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  27.76 
 
 		 758 aa  189  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  25.2 
 
 		 744 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 699 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 733 aa  181  4e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 		 702 aa  179  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  25.95 
 
 		 801 aa  178  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 708 aa  176  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 682 aa  168  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  34.39 
 
 		 778 aa  114  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  33.52 
 
 		 249 aa  95.1  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 735 aa  93.6  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  37.01 
 
 		 836 aa  90.1  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  26.62 
 
 		 868 aa  85.5  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  46.81 
 
 		 730 aa  80.1  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 766 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  22.74 
 
 		 712 aa  72.8  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  39.5 
 
 		 759 aa  72.4  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 		 763 aa  69.3  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.61 
 
 		 862 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1480  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 776 aa  68.9  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.329669  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  34.59 
 
 		 681 aa  67.8  0.0000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1366  tonB-linked outer membrane receptor  27.42 
 
 		 811 aa  67  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3709  outer membrane receptor protein  34.82 
 
 		 776 aa  67.4  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  36.84 
 
 		 776 aa  67  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  35.29 
 
 		 665 aa  65.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  32.93 
 
 		 680 aa  65.5  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.47 
 
 		 614 aa  65.5  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4561  TonB-dependent receptor  43.37 
 
 		 824 aa  64.3  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0251417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 698 aa  64.3  0.000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1572  TonB-dependent receptor  34.58 
 
 		 780 aa  63.9  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0693034  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>