More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3051 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 702 aa  1437    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  46.89 
 
 		 705 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  44.64 
 
 		 783 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  45.83 
 
 		 714 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  46.39 
 
 		 714 aa  605  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  44.04 
 
 		 774 aa  604  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  47.06 
 
 		 676 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  48.07 
 
 		 719 aa  600  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  48.22 
 
 		 719 aa  598  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  43.44 
 
 		 782 aa  592  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  46.6 
 
 		 707 aa  586  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  42.97 
 
 		 799 aa  578  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  45.42 
 
 		 723 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  42.6 
 
 		 784 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  41.9 
 
 		 784 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  45.42 
 
 		 731 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  42.38 
 
 		 789 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  40.92 
 
 		 705 aa  452  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  33.1 
 
 		 694 aa  308  3e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  32.87 
 
 		 727 aa  307  6e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  32.99 
 
 		 719 aa  303  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 706 aa  299  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  33.69 
 
 		 677 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  31.89 
 
 		 724 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  32.72 
 
 		 693 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  32.55 
 
 		 692 aa  284  5.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  33.28 
 
 		 694 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  33.13 
 
 		 677 aa  283  9e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 689 aa  283  1e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  33.13 
 
 		 742 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  32.3 
 
 		 687 aa  281  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  32 
 
 		 687 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  32.66 
 
 		 689 aa  278  2e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 		 730 aa  275  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  31.84 
 
 		 681 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 		 680 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 		 682 aa  273  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  30.37 
 
 		 685 aa  273  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  32.25 
 
 		 699 aa  267  5e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 751 aa  266  7e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 		 682 aa  266  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 751 aa  264  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 681 aa  263  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 698 aa  263  6e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 698 aa  263  6e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 681 aa  263  6e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 751 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  31.86 
 
 		 725 aa  261  3e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 727 aa  261  3e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  31.66 
 
 		 698 aa  261  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  33.39 
 
 		 685 aa  259  8e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 693 aa  259  8e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 695 aa  257  6e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  28.96 
 
 		 801 aa  256  1.0000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 835 aa  253  8.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  30.62 
 
 		 702 aa  253  8.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 709 aa  252  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  30.96 
 
 		 709 aa  251  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  29.61 
 
 		 758 aa  248  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  29.61 
 
 		 758 aa  248  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 797 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 		 713 aa  246  6.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  29.46 
 
 		 758 aa  246  9e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  29.61 
 
 		 758 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  29.76 
 
 		 758 aa  244  5e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  26.73 
 
 		 778 aa  240  5.999999999999999e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 685 aa  239  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 744 aa  238  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  31.41 
 
 		 600 aa  237  5.0000000000000005e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  31.55 
 
 		 681 aa  235  2.0000000000000002e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 695 aa  234  5e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  31.08 
 
 		 681 aa  233  9e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 708 aa  231  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 734 aa  229  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  29.28 
 
 		 709 aa  225  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 821 aa  219  8.999999999999998e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 733 aa  198  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  26.09 
 
 		 744 aa  195  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 702 aa  176  9e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 759 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 763 aa  135  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 735 aa  131  5.0000000000000004e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 836 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1938  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 801 aa  110  9.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3709  outer membrane receptor protein  22.56 
 
 		 776 aa  109  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  36.93 
 
 		 766 aa  103  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 730 aa  102  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  23.41 
 
 		 868 aa  100  7e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  36.16 
 
 		 249 aa  97.4  9e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1480  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 776 aa  90.9  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.329669  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 776 aa  89  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2339  TonB-dependent receptor  23.05 
 
 		 797 aa  80.9  0.00000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.608898  normal  0.596694 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  22.55 
 
 		 698 aa  79.3  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0204  TonB-dependent receptor  22.01 
 
 		 678 aa  79.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4561  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 824 aa  75.5  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0251417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001257  TonB-dependent heme receptor HutR  23.51 
 
 		 712 aa  75.5  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.299412  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1366  tonB-linked outer membrane receptor  30.56 
 
 		 811 aa  70.1  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7106  TonB-dependent receptor  34.45 
 
 		 818 aa  68.9  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.385774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  32.93 
 
 		 687 aa  65.9  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  32.12 
 
 		 676 aa  65.1  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>