More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0295 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  53.48 
 
 		 751 aa  790    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  46.19 
 
 		 835 aa  728    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  52.54 
 
 		 801 aa  857    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 797 aa  1621    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  42.56 
 
 		 821 aa  593  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  39.91 
 
 		 706 aa  515  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  42.47 
 
 		 744 aa  509  1e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  36.57 
 
 		 758 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  36.57 
 
 		 758 aa  491  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  38.16 
 
 		 758 aa  490  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  36.7 
 
 		 758 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  36.19 
 
 		 758 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  35.33 
 
 		 689 aa  412  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  34.19 
 
 		 682 aa  382  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  33.38 
 
 		 689 aa  362  2e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  34.41 
 
 		 694 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  33.01 
 
 		 730 aa  355  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 693 aa  345  2.9999999999999997e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  33.1 
 
 		 695 aa  340  7e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  33.19 
 
 		 687 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  32.08 
 
 		 681 aa  329  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  32.58 
 
 		 687 aa  329  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  32.04 
 
 		 685 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 727 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  32.08 
 
 		 680 aa  326  9e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 734 aa  325  1e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  32.19 
 
 		 682 aa  325  3e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 		 719 aa  319  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 		 681 aa  315  1.9999999999999998e-84  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  32.11 
 
 		 681 aa  315  2.9999999999999996e-84  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  32.02 
 
 		 705 aa  306  1.0000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.38 
 
 		 600 aa  301  4e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 		 685 aa  298  3e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  32.19 
 
 		 685 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 		 708 aa  283  1e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  27.93 
 
 		 709 aa  281  2e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  26.42 
 
 		 778 aa  281  4e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 		 713 aa  280  5e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 702 aa  278  3e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 709 aa  277  5e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 702 aa  274  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 698 aa  272  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 698 aa  272  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 751 aa  272  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 681 aa  272  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 751 aa  272  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 681 aa  272  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 698 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 694 aa  268  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  28.9 
 
 		 744 aa  266  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 725 aa  265  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 692 aa  265  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 693 aa  265  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 724 aa  265  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 677 aa  263  8e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 742 aa  263  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 677 aa  261  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 709 aa  257  6e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 727 aa  254  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 699 aa  254  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 		 695 aa  252  2e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 784 aa  246  8e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  27.97 
 
 		 774 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 783 aa  243  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  29.39 
 
 		 782 aa  243  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  28.71 
 
 		 676 aa  243  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 705 aa  243  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 784 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 		 733 aa  239  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  28.47 
 
 		 707 aa  236  9e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 789 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  28.29 
 
 		 714 aa  232  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 799 aa  227  8e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 719 aa  226  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  27.8 
 
 		 714 aa  225  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  27.74 
 
 		 731 aa  224  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  27.74 
 
 		 723 aa  224  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  27.72 
 
 		 719 aa  224  4e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  23.47 
 
 		 868 aa  197  8.000000000000001e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 702 aa  194  8e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  22.34 
 
 		 766 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 759 aa  171  7e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 735 aa  157  5.0000000000000005e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 763 aa  150  9e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1480  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 776 aa  137  7.000000000000001e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.329669  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  35.45 
 
 		 836 aa  135  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7106  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 818 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.385774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  34.39 
 
 		 249 aa  117  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2339  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 797 aa  117  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.608898  normal  0.596694 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  21.78 
 
 		 730 aa  110  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2015  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 732 aa  104  7e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08651  hypothetical protein  22.7 
 
 		 799 aa  98.2  6e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.950762  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  28.89 
 
 		 750 aa  95.9  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 776 aa  92.8  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3709  outer membrane receptor protein  27.03 
 
 		 776 aa  91.3  6e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  26.07 
 
 		 748 aa  89.7  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 698 aa  89.7  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 828 aa  85.9  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2433  TonB-dependent receptor  33.19 
 
 		 754 aa  82  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.747625 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  30.25 
 
 		 836 aa  79.3  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>