157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4238 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4238  transcriptional activator FtrB  100 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2709  transcriptional activator FtrB  53.07 
 
 		 232 aa  232  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0829617 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3861  transcriptional activator FtrB  50 
 
 		 256 aa  221  6e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0301  transcriptional activator FtrB  40.35 
 
 		 236 aa  176  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.025844  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0277  transcriptional activator FtrB  40.35 
 
 		 236 aa  176  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2889  transcriptional activator FtrB  38.16 
 
 		 239 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6129  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 267 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0255629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2132  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.46 
 
 		 293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.263338  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2595  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.396823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1511  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.34 
 
 		 269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1580  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 240 aa  95.5  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.391426  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  27.62 
 
 		 241 aa  91.7  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.69 
 
 		 229 aa  89.7  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1012  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 241 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.88102  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  28.9 
 
 		 235 aa  85.5  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0740  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.19 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.04 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.04 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.53 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 232 aa  75.1  0.0000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 229 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 237 aa  71.6  0.000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 		 229 aa  68.6  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 229 aa  67  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2635  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.545323  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.66 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.22 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.59 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2376  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.253524 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 236 aa  65.1  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.44 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4954  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.1 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00163752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.14 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.14 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 258 aa  62  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  32.93 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.4 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3444  cyclic nucleotide-binding  26.37 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2685  cAMP-binding protein  26.96 
 
 		 272 aa  60.1  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.36 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.62 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1619  cyclic nucleotide-binding  26.51 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.146026  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 231 aa  58.5  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.97 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5024  cyclic nucleotide-binding protein  25.37 
 
 		 221 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.96 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.64 
 
 		 225 aa  54.3  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1694  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 230 aa  54.3  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.233971  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1428  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 230 aa  54.3  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0334282  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3270  hypothetical protein  35.43 
 
 		 239 aa  53.9  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2689  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.09 
 
 		 246 aa  53.9  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.43 
 
 		 229 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5927  cyclic nucleotide-binding protein  30.6 
 
 		 226 aa  53.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.514964 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  27.43 
 
 		 229 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 239 aa  52.8  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3486  putative signal transduction histidine kinase  25.65 
 
 		 243 aa  52.4  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.173486 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.11 
 
 		 223 aa  52.4  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.3 
 
 		 246 aa  52.4  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 254 aa  51.2  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.3 
 
 		 229 aa  51.6  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4874  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.58229 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3191  transcriptional regulator Dnr  28.41 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.14 
 
 		 236 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3455  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.62 
 
 		 224 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 261 aa  50.8  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3616  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 243 aa  50.1  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1939  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 		 235 aa  50.1  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.44 
 
 		 222 aa  50.4  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 227 aa  49.7  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  23.81 
 
 		 254 aa  49.3  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 214 aa  49.3  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3341  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 221 aa  48.9  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0836398 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.76 
 
 		 233 aa  48.9  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 310 aa  48.9  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0628  transcriptional regulator Dnr  25.24 
 
 		 227 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.56 
 
 		 229 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06870  transcriptional regulator Dnr  26.55 
 
 		 227 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  20.49 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1904  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 254 aa  47.8  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0603838  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.46 
 
 		 254 aa  47.8  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0525745  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2762  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.04 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  25.6 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3610  hypothetical protein  26.56 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3322  cyclic nucleotide-binding  40.85 
 
 		 495 aa  46.6  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319874 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0749  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 242 aa  46.6  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.887641  normal  0.079497 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>