More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_3443 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
229 aa  461  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  45.29 
 
 
230 aa  192  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.29 
 
 
229 aa  193  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.29 
 
 
230 aa  192  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.29 
 
 
230 aa  192  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  45.29 
 
 
230 aa  192  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.29 
 
 
229 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.29 
 
 
229 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  45.29 
 
 
229 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  41.01 
 
 
245 aa  179  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.79 
 
 
232 aa  178  7e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  40 
 
 
231 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
252 aa  165  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.91 
 
 
227 aa  165  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1904  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
254 aa  160  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0603838  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.01 
 
 
253 aa  160  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.74 
 
 
254 aa  160  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0525745  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
233 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
234 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.9 
 
 
225 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.9 
 
 
225 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.35 
 
 
225 aa  135  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  38.35 
 
 
225 aa  135  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.09 
 
 
243 aa  134  8e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.86 
 
 
225 aa  131  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
237 aa  124  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.11 
 
 
246 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.11 
 
 
229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0628  transcriptional regulator Dnr  32.24 
 
 
227 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 
227 aa  107  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
254 aa  106  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.17 
 
 
229 aa  106  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06870  transcriptional regulator Dnr  31.78 
 
 
227 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.19 
 
 
229 aa  105  7e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
248 aa  102  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
232 aa  101  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
241 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
224 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.8 
 
 
222 aa  99.8  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
230 aa  99.4  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  31.48 
 
 
254 aa  98.6  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
228 aa  98.2  9e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.02 
 
 
233 aa  96.7  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
228 aa  95.9  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.52 
 
 
229 aa  95.5  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
226 aa  94.7  9e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.28 
 
 
222 aa  94  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.28 
 
 
222 aa  94  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
229 aa  91.7  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.78 
 
 
227 aa  90.5  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
225 aa  89.7  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
239 aa  89  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.08 
 
 
227 aa  88.6  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.19 
 
 
219 aa  88.2  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.29 
 
 
227 aa  87.8  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
249 aa  87.8  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.16 
 
 
227 aa  87  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.67 
 
 
223 aa  86.7  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2685  cAMP-binding protein  26.46 
 
 
272 aa  85.5  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  29.78 
 
 
222 aa  85.5  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3444  cyclic nucleotide-binding  27.18 
 
 
250 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
234 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3081  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
249 aa  84  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0390484  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.88 
 
 
234 aa  84  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  28.65 
 
 
236 aa  83.2  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  27.6 
 
 
223 aa  82.8  0.000000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  26.09 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.79 
 
 
236 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 
225 aa  81.3  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  25.94 
 
 
241 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
241 aa  80.1  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0780  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
231 aa  79.7  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.390237  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.01 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.29 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  25 
 
 
235 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
235 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.79 
 
 
225 aa  77.8  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
225 aa  78.2  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  27.78 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2638  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.29 
 
 
222 aa  77  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.73 
 
 
219 aa  77.4  0.0000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000181532  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 
231 aa  77  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
258 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0740  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.94 
 
 
255 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1312  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
209 aa  76.3  0.0000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000433355  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1012  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.47 
 
 
241 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.88102  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.65 
 
 
226 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.07 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.77 
 
 
236 aa  75.5  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
227 aa  75.1  0.0000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.11 
 
 
231 aa  75.1  0.0000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3191  transcriptional regulator Dnr  26.18 
 
 
227 aa  75.1  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.5 
 
 
223 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.26 
 
 
235 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
235 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
235 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.15 
 
 
225 aa  74.7  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6129  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
267 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0255629  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.64 
 
 
248 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>