219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_5024 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_5024  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
221 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923745  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4954  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  60.09 
 
 
223 aa  251  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00163752  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  44.19 
 
 
235 aa  184  9e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.93 
 
 
227 aa  170  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2376  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
226 aa  143  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.253524 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5927  cyclic nucleotide-binding protein  40.58 
 
 
226 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.514964 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
249 aa  104  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0740  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.58 
 
 
255 aa  89.4  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  27.7 
 
 
241 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
225 aa  83.2  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
248 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1012  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
241 aa  82  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.88102  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 
227 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  31.32 
 
 
236 aa  79.7  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.29 
 
 
236 aa  79.7  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2889  transcriptional activator FtrB  30.05 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
237 aa  78.2  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0301  transcriptional activator FtrB  28.65 
 
 
236 aa  76.3  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.025844  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0277  transcriptional activator FtrB  28.65 
 
 
236 aa  76.3  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.05 
 
 
229 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.02 
 
 
229 aa  74.7  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.02 
 
 
246 aa  74.3  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.96 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
234 aa  73.2  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.96 
 
 
227 aa  71.6  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.37 
 
 
226 aa  69.7  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.37 
 
 
227 aa  68.9  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
229 aa  69.3  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
229 aa  68.9  0.00000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
239 aa  68.9  0.00000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.92 
 
 
227 aa  67.4  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2709  transcriptional activator FtrB  29.61 
 
 
232 aa  67.4  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0829617 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3861  transcriptional activator FtrB  40.24 
 
 
256 aa  66.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.15 
 
 
224 aa  66.6  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.28 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3191  transcriptional regulator Dnr  28.17 
 
 
227 aa  66.6  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
241 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.67 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09560  cAMP-binding protein  30.24 
 
 
231 aa  66.2  0.0000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.348668  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.79 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1939  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.12 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
238 aa  65.9  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.79 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0628  transcriptional regulator Dnr  26.29 
 
 
227 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
227 aa  63.2  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06870  transcriptional regulator Dnr  25.82 
 
 
227 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.25 
 
 
228 aa  62  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.58 
 
 
227 aa  61.2  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.58 
 
 
227 aa  61.2  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.49 
 
 
226 aa  60.5  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.97 
 
 
243 aa  60.8  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
241 aa  60.5  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1619  cyclic nucleotide-binding  31.58 
 
 
235 aa  59.7  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.146026  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1580  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
240 aa  59.3  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.391426  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.13 
 
 
231 aa  58.9  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  27.05 
 
 
223 aa  58.9  0.00000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
229 aa  58.9  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1838  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.55 
 
 
225 aa  58.9  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0983527  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2638  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.26 
 
 
222 aa  57.8  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3322  cyclic nucleotide-binding  25 
 
 
495 aa  57.4  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000319874 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.73 
 
 
231 aa  57  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  20.21 
 
 
226 aa  57.4  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4238  transcriptional activator FtrB  25.37 
 
 
234 aa  57  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
232 aa  56.6  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
226 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 
233 aa  56.2  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
232 aa  55.8  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2132  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.37 
 
 
293 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.263338  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
222 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  28.42 
 
 
231 aa  55.8  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  20.21 
 
 
226 aa  55.8  0.0000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  22 
 
 
236 aa  55.5  0.0000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.6 
 
 
222 aa  55.5  0.0000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  22 
 
 
236 aa  55.1  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  23.37 
 
 
352 aa  55.1  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1312  CRP/FNR family transcriptional regulator  19.19 
 
 
209 aa  54.7  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000433355  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.78 
 
 
229 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.11 
 
 
225 aa  53.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3444  cyclic nucleotide-binding  23.22 
 
 
250 aa  53.5  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  20.51 
 
 
226 aa  53.5  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.11 
 
 
225 aa  53.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2595  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.47 
 
 
251 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.396823  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  26.17 
 
 
225 aa  53.1  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
254 aa  53.5  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  22.9 
 
 
231 aa  52.8  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.93 
 
 
225 aa  53.1  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
254 aa  52.8  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.23 
 
 
226 aa  52.4  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.32 
 
 
251 aa  51.6  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  25 
 
 
222 aa  50.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.51 
 
 
236 aa  50.4  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6129  Crp/FNR family transcriptional regulator  27 
 
 
267 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0255629  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3830  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
201 aa  50.4  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.695222 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.53 
 
 
234 aa  50.1  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
242 aa  50.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 
230 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  26.37 
 
 
254 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.46 
 
 
222 aa  50.1  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000192919 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.83 
 
 
226 aa  50.1  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>