166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0741 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
222 aa  454  1e-127  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05960  cAMP-binding protein  38.53 
 
 
215 aa  162  3e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.901982 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01090  transcriptional regulator, crp family  39.34 
 
 
224 aa  159  3e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0705  cyclic nucleotide-binding protein  36.53 
 
 
227 aa  159  4e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0702  cyclic nucleotide-binding protein  36.07 
 
 
233 aa  153  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0034  cyclic nucleotide-binding protein  37.68 
 
 
219 aa  150  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000350916  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0213  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.85 
 
 
224 aa  144  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3149  cyclic nucleotide-binding protein  34.27 
 
 
238 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2189  hypothetical protein  36.06 
 
 
219 aa  134  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0895568  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1423  cyclic nucleotide-binding protein  31.46 
 
 
222 aa  126  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0243241  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2221  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.5 
 
 
240 aa  116  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.181319  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0911  cyclic nucleotide-binding protein  29.86 
 
 
226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000610478  hitchhiker  0.00000000000000386547 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03090  cAMP-binding protein  31.68 
 
 
227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0333204  hitchhiker  1.31136e-22 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.95 
 
 
225 aa  105  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000947161  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.47 
 
 
235 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990851  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.2 
 
 
218 aa  97.4  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.07605e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.5 
 
 
229 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.45 
 
 
226 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.47 
 
 
226 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0478  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  26.73 
 
 
216 aa  79.3  0.00000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.57 
 
 
236 aa  75.5  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
248 aa  73.2  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1162  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.74 
 
 
220 aa  65.9  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2066  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.76 
 
 
224 aa  64.3  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0111986  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.11 
 
 
226 aa  63.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.76 
 
 
223 aa  63.2  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.24 
 
 
227 aa  62.8  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.19 
 
 
231 aa  62.4  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  19.19 
 
 
226 aa  62.4  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
228 aa  60.8  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.01 
 
 
227 aa  60.5  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
249 aa  58.9  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
241 aa  58.9  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13660  cAMP-binding protein  19.91 
 
 
249 aa  58.5  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0984  Crp-like transcriptional regulator  25.25 
 
 
209 aa  57.8  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3951  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.59 
 
 
220 aa  57.8  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1580  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.49 
 
 
215 aa  57  0.0000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.94 
 
 
253 aa  57  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 
226 aa  57  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.54 
 
 
229 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4521  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.64 
 
 
257 aa  56.6  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0161618  normal  0.0108643 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5024  cyclic nucleotide-binding protein  25.6 
 
 
221 aa  55.5  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923745  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 
233 aa  55.1  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
254 aa  54.7  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.8 
 
 
225 aa  53.9  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.55 
 
 
236 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0528  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.83 
 
 
244 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
222 aa  54.3  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1583  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
198 aa  52.8  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.547464  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.1 
 
 
225 aa  52.8  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.23 
 
 
226 aa  52  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
225 aa  51.6  0.000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  23.83 
 
 
236 aa  51.6  0.000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.88 
 
 
225 aa  50.8  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
232 aa  51.2  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.29 
 
 
229 aa  51.2  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0756  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
220 aa  51.6  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.37 
 
 
231 aa  50.4  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.77 
 
 
227 aa  50.4  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.96 
 
 
228 aa  50.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.1 
 
 
229 aa  50.8  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.46 
 
 
211 aa  50.4  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.05 
 
 
219 aa  50.4  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.64 
 
 
257 aa  50.1  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.22 
 
 
231 aa  49.3  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0463  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.13 
 
 
221 aa  49.3  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.607183  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1012  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.47 
 
 
241 aa  49.3  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.88102  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.35 
 
 
252 aa  49.3  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1053  transcriptional regulator, putative  22.06 
 
 
228 aa  48.9  0.00006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0216294 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  26.96 
 
 
241 aa  48.9  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  21.05 
 
 
221 aa  48.5  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.7 
 
 
223 aa  48.9  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4053  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.75 
 
 
211 aa  48.5  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  22.16 
 
 
248 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
230 aa  47.8  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.78 
 
 
246 aa  47.8  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.43 
 
 
239 aa  47.8  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08370  cAMP-regulatory protein  23.9 
 
 
214 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000340418 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1835  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
250 aa  47.8  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.26 
 
 
231 aa  48.1  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.16 
 
 
248 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  24.3 
 
 
235 aa  48.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.7 
 
 
248 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.54 
 
 
229 aa  47.4  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.55 
 
 
225 aa  47.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
249 aa  47  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.66 
 
 
236 aa  47  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  24.46 
 
 
222 aa  47.4  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1303  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.27 
 
 
229 aa  47  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.76 
 
 
246 aa  47  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.76 
 
 
229 aa  47.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.67 
 
 
241 aa  46.2  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  25.48 
 
 
214 aa  46.6  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4954  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.35 
 
 
223 aa  46.6  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00163752  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.44 
 
 
218 aa  46.6  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1573  Crp family transcriptional regulator  23.53 
 
 
283 aa  46.2  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.19 
 
 
236 aa  46.2  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3233  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.62 
 
 
256 aa  46.2  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.47 
 
 
232 aa  46.2  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6767  cyclic nucleotide-binding protein  22.12 
 
 
228 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171014  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>