More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0702 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0702  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
233 aa  482  1e-135  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0705  cyclic nucleotide-binding protein  87.5 
 
 
227 aa  411  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3149  cyclic nucleotide-binding protein  46.82 
 
 
238 aa  227  1e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0034  cyclic nucleotide-binding protein  50 
 
 
219 aa  216  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000350916  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01090  transcriptional regulator, crp family  43.78 
 
 
224 aa  197  9e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1423  cyclic nucleotide-binding protein  43.52 
 
 
222 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0243241  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2189  hypothetical protein  47.37 
 
 
219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0895568  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0213  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.57 
 
 
224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.07 
 
 
222 aa  153  2e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0911  cyclic nucleotide-binding protein  34.08 
 
 
226 aa  145  6e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000610478  hitchhiker  0.00000000000000386547 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2221  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.4 
 
 
240 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.181319  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05960  cAMP-binding protein  33.33 
 
 
215 aa  132  3e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.901982 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.69 
 
 
235 aa  123  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990851  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.88 
 
 
225 aa  115  5e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000947161  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  30.69 
 
 
226 aa  102  5e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03090  cAMP-binding protein  27.65 
 
 
227 aa  97.1  2e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0333204  hitchhiker  1.31136e-22 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0478  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  30.81 
 
 
216 aa  96.3  3e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.71 
 
 
226 aa  88.2  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.71 
 
 
226 aa  85.9  6e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.92 
 
 
229 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.36 
 
 
218 aa  82.4  0.000000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.07605e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13660  cAMP-binding protein  26.29 
 
 
249 aa  80.9  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
228 aa  72.8  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
248 aa  72.4  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3951  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.52 
 
 
220 aa  68.6  0.00000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1162  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
220 aa  67.8  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.49 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  24.43 
 
 
222 aa  66.2  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.33 
 
 
254 aa  65.9  0.0000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  24.1 
 
 
215 aa  64.7  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.63 
 
 
225 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.74 
 
 
225 aa  62.8  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2120  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.5 
 
 
245 aa  62  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.63 
 
 
225 aa  62  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3138  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.29 
 
 
248 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  22.97 
 
 
236 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 
227 aa  61.2  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
235 aa  61.2  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4486  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.29 
 
 
248 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.67 
 
 
231 aa  60.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0756  CRP/FNR family transcriptional regulator  20.57 
 
 
220 aa  60.8  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0463  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.34 
 
 
221 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.607183  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.92 
 
 
240 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
227 aa  60.1  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.76 
 
 
232 aa  60.1  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5008  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
249 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.76 
 
 
230 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1580  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.08 
 
 
215 aa  58.9  0.00000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.38 
 
 
231 aa  58.5  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3149  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.63 
 
 
249 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.92 
 
 
226 aa  58.2  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5122  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.81 
 
 
248 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5297  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.63 
 
 
248 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5737  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.81 
 
 
248 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
236 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1053  transcriptional regulator, putative  23.71 
 
 
228 aa  57  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0216294 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  23.08 
 
 
225 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  23.94 
 
 
229 aa  57.4  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0035  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.04 
 
 
251 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  24.34 
 
 
229 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.11 
 
 
230 aa  57.4  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.75 
 
 
236 aa  57  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.75 
 
 
236 aa  57.4  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  24.47 
 
 
230 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.25 
 
 
224 aa  56.6  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.4 
 
 
232 aa  56.6  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.44 
 
 
226 aa  56.2  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.64 
 
 
229 aa  55.8  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  24.32 
 
 
231 aa  55.5  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.01 
 
 
236 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2472  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.43 
 
 
238 aa  55.1  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.58 
 
 
227 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.65 
 
 
232 aa  55.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.93 
 
 
236 aa  55.1  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.53 
 
 
236 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0878  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  20.98 
 
 
257 aa  54.3  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364978  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.44 
 
 
227 aa  54.7  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
249 aa  55.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.72 
 
 
241 aa  53.9  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0031  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.66 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2741  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.73 
 
 
225 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.705936 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.55 
 
 
227 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.2 
 
 
229 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.05 
 
 
225 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1464  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.66 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.855917  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  24.34 
 
 
229 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0037  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.66 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.284481  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0037  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.66 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.05 
 
 
225 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.53 
 
 
236 aa  53.9  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.23 
 
 
231 aa  53.9  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1303  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.43 
 
 
229 aa  53.9  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  23.2 
 
 
229 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1184  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.66 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0051  cAMP-binding proteins - catabolite gene activator and regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinases  22.66 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2229  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.28 
 
 
258 aa  53.1  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.173815  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  23.94 
 
 
229 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7766  nitrogen fixation regulation protein fixK  27.08 
 
 
235 aa  53.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.701843  normal  0.257497 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.86 
 
 
238 aa  53.5  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.56 
 
 
231 aa  53.5  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>