More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1465 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
236 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  87.29 
 
 
236 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  86.44 
 
 
236 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  77.25 
 
 
240 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6822  Crp/FNR family transcriptional regulator  73.31 
 
 
239 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  61.84 
 
 
231 aa  295  3e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.14 
 
 
234 aa  268  4e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.26 
 
 
233 aa  268  7e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  53.95 
 
 
231 aa  263  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  53.95 
 
 
231 aa  263  3e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  52.84 
 
 
231 aa  251  8.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
231 aa  244  6e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.9 
 
 
233 aa  228  6e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  48.9 
 
 
233 aa  228  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  47.58 
 
 
233 aa  221  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  48.03 
 
 
232 aa  216  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  48.58 
 
 
232 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0281  transcriptional regulator NnrR  47.64 
 
 
232 aa  208  7e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
257 aa  198  7.999999999999999e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.24 
 
 
235 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.72 
 
 
229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  40.45 
 
 
250 aa  161  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2812  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
243 aa  160  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  37.73 
 
 
240 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.95 
 
 
252 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1070  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
235 aa  150  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.105875  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.41 
 
 
234 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5204  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.11 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.26828 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2020  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.46 
 
 
239 aa  129  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0424227  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
225 aa  119  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2027  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.37 
 
 
226 aa  117  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
249 aa  115  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  33.17 
 
 
261 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
226 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.47 
 
 
225 aa  106  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
224 aa  105  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.36 
 
 
226 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0644  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.9 
 
 
243 aa  101  1e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000386152  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
241 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.56 
 
 
231 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.24 
 
 
229 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.24 
 
 
229 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.24 
 
 
229 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  28.24 
 
 
230 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  28.24 
 
 
230 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.99 
 
 
227 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  28.24 
 
 
229 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.84 
 
 
239 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
229 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.24 
 
 
230 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.24 
 
 
230 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
234 aa  99.8  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0657  cyclic nucleotide-binding protein  29.3 
 
 
246 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.418671  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
254 aa  99.8  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.41 
 
 
225 aa  99  5e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.45 
 
 
224 aa  99  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.37 
 
 
257 aa  99  6e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0629  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
230 aa  98.6  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.06 
 
 
235 aa  97.8  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.1 
 
 
219 aa  97.1  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
230 aa  97.4  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
228 aa  97.1  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.98 
 
 
225 aa  96.7  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
227 aa  96.3  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
254 aa  95.9  5e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  26.53 
 
 
352 aa  95.9  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
225 aa  95.5  7e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
229 aa  95.1  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
222 aa  95.1  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.27 
 
 
237 aa  94.4  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
228 aa  94.4  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
225 aa  93.6  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.61 
 
 
229 aa  93.2  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.96 
 
 
223 aa  92.8  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.04 
 
 
224 aa  92  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 
225 aa  92  7e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
236 aa  91.7  9e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.76 
 
 
229 aa  91.7  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
236 aa  90.9  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3081  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0390484  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.11 
 
 
226 aa  90.9  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.27 
 
 
226 aa  89.7  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  24.66 
 
 
236 aa  89.7  3e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.34 
 
 
225 aa  89.7  3e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  25.57 
 
 
226 aa  89.4  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.27 
 
 
242 aa  89  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  27.78 
 
 
225 aa  89  5e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.6 
 
 
236 aa  89  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  25.87 
 
 
228 aa  88.6  7e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.42 
 
 
228 aa  89  7e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
222 aa  88.2  9e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 
231 aa  88.2  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.45 
 
 
236 aa  88.2  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 
236 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  25.99 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>