More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8112 on replicon NC_011887
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
229 aa  462  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.78 
 
 
252 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  46.49 
 
 
240 aa  211  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.54 
 
 
234 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
257 aa  172  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.65 
 
 
236 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
233 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
233 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
236 aa  162  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  39.25 
 
 
236 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
240 aa  161  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.97 
 
 
231 aa  161  7e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
233 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6822  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
239 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
231 aa  156  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
231 aa  156  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
235 aa  149  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
231 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
231 aa  145  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
234 aa  142  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2812  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
243 aa  139  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  34.35 
 
 
250 aa  138  6e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5204  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
261 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.26828 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
227 aa  118  9e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
228 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.08 
 
 
225 aa  116  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1070  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
235 aa  115  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.105875  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
225 aa  115  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  30.15 
 
 
232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0281  transcriptional regulator NnrR  29.65 
 
 
232 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
249 aa  112  5e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.24 
 
 
231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.66 
 
 
219 aa  108  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
225 aa  106  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.44 
 
 
225 aa  105  6e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2027  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.96 
 
 
226 aa  105  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 
239 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  29.82 
 
 
225 aa  103  2e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.1 
 
 
228 aa  99.8  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.95 
 
 
222 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.04 
 
 
220 aa  99  5e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.62 
 
 
226 aa  99  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.16 
 
 
225 aa  99  6e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.3 
 
 
235 aa  97.8  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.54 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0657  cyclic nucleotide-binding protein  28.91 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.418671  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
236 aa  96.7  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  27.36 
 
 
225 aa  97.4  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
236 aa  95.9  5e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.44 
 
 
229 aa  95.9  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  32.16 
 
 
224 aa  95.5  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
236 aa  95.5  6e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
236 aa  95.5  6e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.17 
 
 
227 aa  94.4  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
225 aa  94.4  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.42 
 
 
226 aa  94.7  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.71 
 
 
228 aa  94.4  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.57 
 
 
225 aa  93.6  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.64 
 
 
225 aa  92.8  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.1 
 
 
242 aa  92.4  6e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.36 
 
 
224 aa  92  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
228 aa  91.7  8e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.84 
 
 
237 aa  91.7  9e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.58 
 
 
227 aa  90.9  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.71 
 
 
228 aa  90.9  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.29 
 
 
226 aa  90.9  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.05 
 
 
227 aa  90.9  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.57 
 
 
227 aa  90.9  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.05 
 
 
230 aa  90.1  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.46 
 
 
225 aa  90.5  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.1 
 
 
224 aa  89.7  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
228 aa  89  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
254 aa  88.6  7e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.11 
 
 
236 aa  88.2  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2020  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.02 
 
 
239 aa  88.2  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0424227  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.51 
 
 
257 aa  87.8  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  24.29 
 
 
225 aa  87.8  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
236 aa  87.8  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.57 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  29.63 
 
 
223 aa  87  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
226 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
236 aa  87.4  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
227 aa  87.4  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.58 
 
 
229 aa  85.9  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.87 
 
 
237 aa  86.3  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  25.23 
 
 
226 aa  86.3  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0644  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000386152  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
229 aa  85.9  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  28.21 
 
 
221 aa  85.5  7e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
241 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 
236 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  26.17 
 
 
224 aa  84.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 
224 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.94 
 
 
224 aa  83.6  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
218 aa  83.2  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2356  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.46 
 
 
254 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.7 
 
 
224 aa  82  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>