More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8903 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
224 aa  437  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  70.4 
 
 
225 aa  315  5e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  68.92 
 
 
228 aa  308  5e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  69.06 
 
 
226 aa  308  5.9999999999999995e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  69.06 
 
 
226 aa  306  1.0000000000000001e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  66.07 
 
 
228 aa  301  6.000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  66.37 
 
 
228 aa  300  1e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  68.61 
 
 
226 aa  299  2e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  68.92 
 
 
242 aa  298  4e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  67.12 
 
 
225 aa  297  9e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  66.67 
 
 
225 aa  296  2e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  64.73 
 
 
224 aa  295  4e-79  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  68.06 
 
 
220 aa  293  1e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  64.89 
 
 
225 aa  286  1e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  63.96 
 
 
225 aa  286  2e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  61.43 
 
 
225 aa  281  6.000000000000001e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  62.33 
 
 
226 aa  279  2e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  59.38 
 
 
225 aa  276  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  62.78 
 
 
225 aa  268  5e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  59.91 
 
 
225 aa  259  2e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  56.25 
 
 
224 aa  258  6e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  54.46 
 
 
224 aa  247  1e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.91 
 
 
224 aa  246  2e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  59.38 
 
 
225 aa  246  3e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  59.38 
 
 
225 aa  245  4e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  61.57 
 
 
246 aa  244  9.999999999999999e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.59 
 
 
224 aa  244  9.999999999999999e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.68 
 
 
224 aa  241  7e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  60.7 
 
 
241 aa  241  7e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.68 
 
 
224 aa  241  7e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.68 
 
 
224 aa  241  7e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  52.68 
 
 
224 aa  241  9e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  52.68 
 
 
224 aa  241  9e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  52.23 
 
 
224 aa  238  6.999999999999999e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  52.68 
 
 
224 aa  237  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  53.57 
 
 
224 aa  234  6e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  50.45 
 
 
225 aa  218  5e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  46.7 
 
 
236 aa  202  3e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  44.69 
 
 
239 aa  194  7e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  38.71 
 
 
243 aa  154  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
230 aa  141  7e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.75 
 
 
230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
225 aa  138  6e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.39 
 
 
228 aa  137  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.28 
 
 
225 aa  132  5e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.78 
 
 
251 aa  131  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.67 
 
 
231 aa  131  9e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  41.75 
 
 
225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.95 
 
 
226 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.05 
 
 
219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
246 aa  129  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
263 aa  128  8.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  37.56 
 
 
220 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
226 aa  124  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
225 aa  124  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
223 aa  123  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  39.27 
 
 
223 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 
229 aa  122  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  33.18 
 
 
222 aa  121  9e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  37.22 
 
 
214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.44 
 
 
225 aa  119  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
226 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.84 
 
 
240 aa  118  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
226 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 
224 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
252 aa  116  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.08 
 
 
222 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  31.22 
 
 
224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  33 
 
 
225 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.48 
 
 
243 aa  115  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 
226 aa  115  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
225 aa  115  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2796  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
250 aa  114  8.999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
228 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.09 
 
 
228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.35 
 
 
236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  32.58 
 
 
226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.64 
 
 
224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.16 
 
 
225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.84 
 
 
223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
254 aa  109  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.71 
 
 
239 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
236 aa  109  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
241 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
236 aa  108  6e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
236 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
236 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.17 
 
 
240 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
229 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
230 aa  107  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
249 aa  107  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.88 
 
 
229 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
231 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
234 aa  106  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
228 aa  106  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>