More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1101 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
246 aa  481  1e-135  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  92.37 
 
 
263 aa  431  1e-120  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
230 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.4 
 
 
230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.43 
 
 
228 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.24 
 
 
225 aa  153  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 
228 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.04 
 
 
225 aa  144  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.73 
 
 
224 aa  143  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  35.75 
 
 
225 aa  142  4e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.97 
 
 
226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  41.36 
 
 
226 aa  139  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.41 
 
 
224 aa  138  7.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  37.95 
 
 
228 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.57 
 
 
225 aa  137  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.41 
 
 
224 aa  138  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  39.79 
 
 
224 aa  137  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  42.49 
 
 
224 aa  137  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  41.45 
 
 
224 aa  137  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.02 
 
 
225 aa  136  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  37.27 
 
 
225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.49 
 
 
224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.31 
 
 
220 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.49 
 
 
224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.97 
 
 
224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.97 
 
 
224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.97 
 
 
224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.82 
 
 
228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.91 
 
 
242 aa  133  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.38 
 
 
224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  35.05 
 
 
225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  38.07 
 
 
224 aa  131  7.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.56 
 
 
225 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  37.96 
 
 
225 aa  126  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
225 aa  125  5e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  35.32 
 
 
225 aa  122  4e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  36.57 
 
 
226 aa  122  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.67 
 
 
226 aa  122  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.59 
 
 
229 aa  119  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  32.27 
 
 
236 aa  118  7.999999999999999e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  29.68 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.24 
 
 
224 aa  115  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
231 aa  115  7.999999999999999e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  33.78 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.6 
 
 
227 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
229 aa  112  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
246 aa  111  9e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.38 
 
 
225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.7 
 
 
227 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
227 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.22 
 
 
227 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
226 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
254 aa  107  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.43 
 
 
220 aa  106  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.97 
 
 
229 aa  105  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.5 
 
 
224 aa  105  8e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
225 aa  104  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.46 
 
 
229 aa  104  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
228 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.7 
 
 
231 aa  103  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  31 
 
 
248 aa  102  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 
236 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.84 
 
 
219 aa  101  9e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
241 aa  101  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
230 aa  100  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 
229 aa  99.8  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
226 aa  98.6  9e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
229 aa  96.3  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.6 
 
 
231 aa  96.3  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
252 aa  96.3  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  31.73 
 
 
223 aa  95.9  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.87 
 
 
226 aa  95.5  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
223 aa  94.4  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.13 
 
 
226 aa  94  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.11 
 
 
226 aa  94.4  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  32.64 
 
 
214 aa  93.2  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
237 aa  92.8  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.95 
 
 
222 aa  92.8  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
236 aa  92.4  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
222 aa  92  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
228 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  26.82 
 
 
224 aa  90.5  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
234 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 
227 aa  90.9  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
224 aa  89.7  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.24 
 
 
225 aa  89.7  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
238 aa  89.4  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.06 
 
 
226 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
223 aa  88.2  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
223 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  29.19 
 
 
222 aa  87.8  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.67 
 
 
222 aa  87.4  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.5 
 
 
243 aa  87.8  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
223 aa  87.4  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  28.06 
 
 
226 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
234 aa  86.7  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.35 
 
 
251 aa  87  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>