More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3629 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
263 aa  517  1e-146  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  92.37 
 
 
246 aa  431  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
230 aa  160  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.4 
 
 
230 aa  159  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.28 
 
 
228 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.61 
 
 
225 aa  150  2e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  38.5 
 
 
226 aa  141  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.73 
 
 
224 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.22 
 
 
228 aa  138  8.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.84 
 
 
225 aa  137  1e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  35.45 
 
 
225 aa  137  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.49 
 
 
224 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  39.9 
 
 
224 aa  135  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.9 
 
 
224 aa  135  7.000000000000001e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.36 
 
 
220 aa  135  9e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  41.45 
 
 
224 aa  135  9e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.41 
 
 
226 aa  134  9.999999999999999e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.06 
 
 
225 aa  134  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  41.45 
 
 
224 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.45 
 
 
224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.45 
 
 
224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  36.89 
 
 
228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
224 aa  132  5e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
224 aa  132  5e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
224 aa  132  5e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.49 
 
 
225 aa  132  6e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.74 
 
 
242 aa  130  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  36.73 
 
 
225 aa  130  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.12 
 
 
224 aa  129  6e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.82 
 
 
228 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  37.61 
 
 
224 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  36.27 
 
 
225 aa  128  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.56 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.56 
 
 
225 aa  125  6e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  31.22 
 
 
243 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  40.59 
 
 
225 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.1 
 
 
225 aa  123  4e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  39.57 
 
 
226 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.19 
 
 
226 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  34.4 
 
 
225 aa  116  3e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
231 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.48 
 
 
229 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  31.78 
 
 
236 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.7 
 
 
224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
228 aa  113  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 
227 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  33.94 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.93 
 
 
225 aa  108  8.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.67 
 
 
227 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 
227 aa  107  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
228 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
225 aa  106  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.03 
 
 
236 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
254 aa  105  7e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.43 
 
 
220 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
226 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.92 
 
 
229 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.97 
 
 
229 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.5 
 
 
224 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
248 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
226 aa  102  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.19 
 
 
226 aa  101  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
241 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.7 
 
 
231 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
230 aa  99  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.66 
 
 
219 aa  96.7  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
252 aa  97.1  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 
229 aa  96.3  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
229 aa  94.7  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  32.69 
 
 
223 aa  94.4  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
237 aa  94  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.66 
 
 
226 aa  94.4  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.17 
 
 
236 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.19 
 
 
231 aa  94.4  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
223 aa  92.8  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  33.16 
 
 
214 aa  91.3  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
228 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.83 
 
 
234 aa  90.5  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
226 aa  90.5  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
222 aa  90.1  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
223 aa  90.5  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.55 
 
 
227 aa  90.5  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.86 
 
 
222 aa  89.4  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.11 
 
 
238 aa  89  7e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  28.43 
 
 
224 aa  88.6  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.87 
 
 
251 aa  88.6  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
226 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.64 
 
 
224 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.47 
 
 
230 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
226 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.71 
 
 
223 aa  87  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.96 
 
 
243 aa  86.7  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.48 
 
 
222 aa  86.7  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.04 
 
 
226 aa  86.7  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  29.52 
 
 
222 aa  86.3  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.61 
 
 
225 aa  85.9  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>