More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5745 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  100 
 
 
243 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.82 
 
 
236 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.47 
 
 
225 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  39.17 
 
 
224 aa  169  4e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.19 
 
 
226 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  38.71 
 
 
226 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
228 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  39.17 
 
 
228 aa  157  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.82 
 
 
225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
226 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  36.53 
 
 
225 aa  154  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
225 aa  154  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.82 
 
 
228 aa  151  8e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.94 
 
 
224 aa  151  8e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  36.57 
 
 
225 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 
228 aa  149  4e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  37.62 
 
 
224 aa  149  5e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.65 
 
 
226 aa  148  7e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.75 
 
 
242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.29 
 
 
225 aa  146  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.23 
 
 
230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.38 
 
 
224 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.71 
 
 
224 aa  143  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
224 aa  144  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
224 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
224 aa  142  4e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
224 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
224 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  34.1 
 
 
226 aa  142  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.11 
 
 
224 aa  142  5e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.07 
 
 
220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  36.67 
 
 
224 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  35.65 
 
 
224 aa  139  4.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.14 
 
 
224 aa  139  6e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.91 
 
 
225 aa  138  8.999999999999999e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.32 
 
 
225 aa  137  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  33.18 
 
 
225 aa  137  2e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.67 
 
 
224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  32.11 
 
 
225 aa  134  9.999999999999999e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  33.33 
 
 
226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.72 
 
 
226 aa  132  3.9999999999999996e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
227 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  31.02 
 
 
236 aa  125  8.000000000000001e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
263 aa  125  9e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  34.26 
 
 
225 aa  124  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
225 aa  124  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
222 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
228 aa  121  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.23 
 
 
225 aa  121  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 
229 aa  119  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.04 
 
 
226 aa  118  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
227 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
241 aa  118  9e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
230 aa  117  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  31.68 
 
 
226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
226 aa  116  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
229 aa  116  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  27.98 
 
 
239 aa  115  8.999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
225 aa  114  8.999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.41 
 
 
243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.37 
 
 
220 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
248 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.32 
 
 
229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.73 
 
 
228 aa  112  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.99 
 
 
227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
225 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.05 
 
 
227 aa  109  5e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
231 aa  108  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
227 aa  108  6e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
231 aa  108  8.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
231 aa  108  8.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
252 aa  108  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.47 
 
 
219 aa  108  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
231 aa  108  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
226 aa  107  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.04 
 
 
234 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.91 
 
 
230 aa  106  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
224 aa  105  5e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
241 aa  105  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
235 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.37 
 
 
225 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  30.88 
 
 
228 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
235 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.91 
 
 
227 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
229 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
235 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  29.9 
 
 
228 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
228 aa  102  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
227 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
227 aa  102  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>