More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0303 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  100 
 
 
236 aa  486  1e-136  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  73 
 
 
239 aa  358  3e-98  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.35 
 
 
225 aa  218  6e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.12 
 
 
228 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  49.77 
 
 
225 aa  206  3e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.4 
 
 
242 aa  205  5e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.58 
 
 
225 aa  205  5e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  47.98 
 
 
224 aa  204  9e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.47 
 
 
220 aa  203  2e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
225 aa  203  2e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  48.85 
 
 
226 aa  202  5e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.05 
 
 
224 aa  201  7e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.64 
 
 
225 aa  200  9.999999999999999e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  46.85 
 
 
225 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  44.1 
 
 
226 aa  200  9.999999999999999e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.7 
 
 
226 aa  199  3e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  45.85 
 
 
228 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.17 
 
 
226 aa  194  8.000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.22 
 
 
224 aa  194  1e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  45.75 
 
 
225 aa  191  9e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.84 
 
 
224 aa  190  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.67 
 
 
228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.7 
 
 
224 aa  189  4e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  46.22 
 
 
224 aa  189  5e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  43.36 
 
 
225 aa  188  5.999999999999999e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  46.4 
 
 
224 aa  187  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.78 
 
 
224 aa  187  1e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.4 
 
 
224 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.4 
 
 
224 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.4 
 
 
224 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  45.5 
 
 
224 aa  186  3e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  45.54 
 
 
225 aa  186  3e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.25 
 
 
225 aa  184  8e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  45.95 
 
 
224 aa  184  9e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  42.6 
 
 
224 aa  181  8.000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  45.95 
 
 
225 aa  176  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.5 
 
 
225 aa  176  3e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.05 
 
 
241 aa  163  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.05 
 
 
246 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.07 
 
 
231 aa  132  5e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
225 aa  129  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.41 
 
 
226 aa  128  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
226 aa  125  7e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  31.02 
 
 
243 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.08 
 
 
226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
246 aa  118  7e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
230 aa  115  5e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.11 
 
 
251 aa  115  7.999999999999999e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
263 aa  115  8.999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
231 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.12 
 
 
222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.64 
 
 
236 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0629  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.96 
 
 
230 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
222 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.59 
 
 
243 aa  105  5e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.6 
 
 
229 aa  105  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.92 
 
 
227 aa  104  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.8 
 
 
227 aa  104  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.17 
 
 
235 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
224 aa  103  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.82 
 
 
236 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.88 
 
 
232 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.52 
 
 
228 aa  103  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  31.55 
 
 
214 aa  102  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
235 aa  102  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 
229 aa  100  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
226 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.81 
 
 
219 aa  99.8  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
235 aa  100  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.05 
 
 
239 aa  99.4  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.25 
 
 
229 aa  99  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
252 aa  99  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 
236 aa  99  5e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
218 aa  99  6e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
248 aa  99  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
217 aa  99  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.56 
 
 
261 aa  99  6e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.99 
 
 
225 aa  98.6  8e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.56 
 
 
223 aa  98.2  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.81 
 
 
228 aa  97.8  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.3 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.08 
 
 
227 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  24.11 
 
 
250 aa  96.7  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
234 aa  96.7  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1275  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
230 aa  96.7  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.651323 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
223 aa  96.7  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
236 aa  95.9  5e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.61 
 
 
231 aa  95.5  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.14 
 
 
236 aa  95.5  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.95 
 
 
240 aa  95.1  9e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2796  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
250 aa  95.1  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2591  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.99 
 
 
221 aa  94.7  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44001  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
228 aa  94.4  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
249 aa  94.4  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>