More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0098 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3161  cyclic nucleotide-binding protein  38.38 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.39 
 
 		 225 aa  125  7e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  33.04 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  35.68 
 
 		 224 aa  119  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  33.64 
 
 		 226 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.02 
 
 		 226 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.73 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 222 aa  111  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 225 aa  111  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 228 aa  111  8.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.08 
 
 		 228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.22 
 
 		 219 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 226 aa  108  6e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.63 
 
 		 225 aa  108  6e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 226 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.56 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 227 aa  106  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.6 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.6 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 242 aa  105  9e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.6 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  31.53 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.16 
 
 		 220 aa  102  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.71 
 
 		 224 aa  99.8  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 246 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.27 
 
 		 222 aa  99.8  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.43 
 
 		 236 aa  99.4  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.3 
 
 		 225 aa  99.8  4e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 		 251 aa  99  5e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 225 aa  99  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.86 
 
 		 224 aa  97.4  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 233 aa  97.4  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 225 aa  97.4  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 246 aa  96.3  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.91 
 
 		 225 aa  95.5  5e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 263 aa  95.9  5e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 		 230 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.65 
 
 		 224 aa  94.7  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 227 aa  94.4  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27700  putative transcriptional regulator  32.5 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112492 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.31 
 
 		 225 aa  94.4  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  30.77 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.7 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.16 
 
 		 226 aa  94.4  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 224 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.91 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 224 aa  94  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.75 
 
 		 231 aa  92.8  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 239 aa  92.8  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 222 aa  92.8  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 224 aa  92  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.82 
 
 		 224 aa  92  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 		 225 aa  92  7e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  33.17 
 
 		 224 aa  91.7  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 224 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  31.96 
 
 		 224 aa  89.7  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 247 aa  89.7  4e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 223 aa  89.7  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.23 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 229 aa  89.4  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 		 226 aa  89.4  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.51 
 
 		 227 aa  89  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 229 aa  89  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.54 
 
 		 226 aa  88.6  8e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.94 
 
 		 229 aa  88.2  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  30.94 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.63 
 
 		 225 aa  88.2  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 214 aa  87.4  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.72 
 
 		 235 aa  86.3  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 254 aa  85.9  4e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.28 
 
 		 225 aa  85.9  5e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 225 aa  85.9  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 231 aa  85.5  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 226 aa  85.1  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  27.4 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5739  cyclic nucleotide-binding protein  27.1 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172184 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.37 
 
 		 225 aa  82.4  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.82 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7216  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.61 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.726682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 241 aa  82  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>