More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3029 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
228 aa  457  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
225 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
239 aa  105  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
241 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.62 
 
 
225 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  33.94 
 
 
247 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.53 
 
 
224 aa  102  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
225 aa  103  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.34 
 
 
225 aa  102  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
239 aa  102  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  32.56 
 
 
224 aa  102  6e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.81 
 
 
239 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  30.53 
 
 
226 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.35 
 
 
231 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
239 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
239 aa  99.4  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
225 aa  98.6  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.51 
 
 
228 aa  98.6  8e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  26.17 
 
 
238 aa  97.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
239 aa  98.2  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  34.22 
 
 
226 aa  97.1  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.11 
 
 
225 aa  95.9  5e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.51 
 
 
228 aa  95.5  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
234 aa  94.4  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
226 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.3 
 
 
230 aa  94.4  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
226 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  34.39 
 
 
225 aa  94.4  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.51 
 
 
226 aa  94.7  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.4 
 
 
227 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
237 aa  93.6  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.51 
 
 
242 aa  93.6  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.03 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.87 
 
 
240 aa  93.2  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  28.95 
 
 
224 aa  92.8  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
249 aa  92.4  4e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
241 aa  92  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.43 
 
 
224 aa  92  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.14 
 
 
237 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.49 
 
 
228 aa  90.1  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  28.71 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  32.45 
 
 
225 aa  89.7  4e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
223 aa  89.4  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.69 
 
 
258 aa  89  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
258 aa  89  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
229 aa  88.6  7e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
226 aa  88.2  9e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.29 
 
 
226 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.63 
 
 
220 aa  87.8  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  32.79 
 
 
225 aa  87  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.56 
 
 
226 aa  87  2e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.22 
 
 
225 aa  86.7  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  28.97 
 
 
228 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 
224 aa  86.7  3e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  30.29 
 
 
236 aa  86.3  3e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  30.77 
 
 
226 aa  86.3  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
254 aa  85.9  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
230 aa  85.9  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
230 aa  85.9  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  32.12 
 
 
239 aa  85.5  6e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.56 
 
 
235 aa  85.1  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.44 
 
 
225 aa  85.1  9e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  28.43 
 
 
223 aa  84.3  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.53 
 
 
228 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 
229 aa  84.3  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
236 aa  84.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.37 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
234 aa  83.6  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.67 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.96 
 
 
225 aa  83.2  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.65 
 
 
225 aa  82.4  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.92 
 
 
224 aa  82  0.000000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.63 
 
 
243 aa  81.6  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
239 aa  81.6  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.96 
 
 
226 aa  81.6  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  27.57 
 
 
228 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3455  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.75 
 
 
237 aa  80.9  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.34 
 
 
232 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.9 
 
 
226 aa  81.3  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
230 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.65 
 
 
225 aa  80.5  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.14 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
234 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
229 aa  80.1  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1070  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
235 aa  79.7  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.105875  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.77 
 
 
231 aa  79.7  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
227 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
252 aa  79  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
224 aa  79  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.46 
 
 
222 aa  78.6  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
218 aa  78.6  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.1 
 
 
251 aa  78.6  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  22.16 
 
 
355 aa  78.2  0.00000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1936  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.308171  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 
226 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.16 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.216294  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1498  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
239 aa  77.8  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163113  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
223 aa  77.8  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.65 
 
 
232 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>