More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_3227 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
232 aa  479  1e-134  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
227 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1724  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.8 
 
 
230 aa  106  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
225 aa  103  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0463  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
221 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.607183  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.81 
 
 
231 aa  102  7e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.93 
 
 
226 aa  100  1e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  25.11 
 
 
226 aa  101  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  25.89 
 
 
224 aa  99.8  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.76 
 
 
226 aa  99  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2946  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
214 aa  97.4  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.69422  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.36 
 
 
225 aa  96.3  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0733  cyclic nucleotide-binding protein  27.94 
 
 
232 aa  95.9  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.9 
 
 
225 aa  95.1  8e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
247 aa  95.1  9e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0687  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 
228 aa  93.6  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2092  cyclic nucleotide-binding protein  26.21 
 
 
223 aa  93.6  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.052922  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  23.15 
 
 
225 aa  92.8  4e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.77 
 
 
220 aa  92.4  5e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.21 
 
 
239 aa  92  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  23.96 
 
 
225 aa  91.3  1e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0714  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 
232 aa  90.1  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.27 
 
 
225 aa  89.7  3e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.33 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.32 
 
 
257 aa  87.8  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
236 aa  87.8  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
236 aa  87.8  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.58 
 
 
225 aa  87.4  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  24.37 
 
 
225 aa  87.4  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 
225 aa  86.3  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
228 aa  86.3  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.02 
 
 
242 aa  85.9  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.69 
 
 
228 aa  85.9  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  21.93 
 
 
228 aa  85.1  8e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.83 
 
 
225 aa  85.1  9e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2762  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.8 
 
 
234 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.1 
 
 
226 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 
229 aa  84  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  24.52 
 
 
236 aa  84.3  0.000000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.04 
 
 
226 aa  84  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.41 
 
 
240 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.58 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.91 
 
 
227 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.87 
 
 
225 aa  83.6  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
217 aa  82.8  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.44 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.74 
 
 
249 aa  82.4  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.2 
 
 
235 aa  82.4  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2618  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.06 
 
 
228 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.13 
 
 
226 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.53 
 
 
222 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.09 
 
 
238 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.8 
 
 
231 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0503167  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  21.96 
 
 
225 aa  80.5  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2554  cyclic nucleotide-binding protein  24.1 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531309  normal  0.0738389 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
224 aa  80.1  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.6 
 
 
238 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  23.56 
 
 
239 aa  79  0.00000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.05 
 
 
228 aa  79  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
230 aa  78.6  0.00000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.66 
 
 
227 aa  78.6  0.00000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.62 
 
 
229 aa  79  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.51 
 
 
221 aa  78.6  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.12 
 
 
222 aa  78.2  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.26 
 
 
224 aa  78.2  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.11 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.65 
 
 
228 aa  77.8  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.78 
 
 
225 aa  78.2  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.58 
 
 
226 aa  77.8  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 
226 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  25.37 
 
 
233 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.5 
 
 
229 aa  77.4  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.86 
 
 
232 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19 
 
 
229 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.51 
 
 
238 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4977  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.88 
 
 
234 aa  76.3  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.111601 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.64 
 
 
233 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.3 
 
 
254 aa  75.5  0.0000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  23.59 
 
 
240 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  26.7 
 
 
211 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
228 aa  75.5  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  23.2 
 
 
224 aa  75.1  0.0000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  26.7 
 
 
210 aa  74.3  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.58 
 
 
258 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24 
 
 
225 aa  74.7  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
236 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.15 
 
 
238 aa  75.1  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.79 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
258 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  22.28 
 
 
232 aa  74.7  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.9 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.216294  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  18.1 
 
 
226 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 
211 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 
211 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.9 
 
 
230 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  26.7 
 
 
210 aa  73.6  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.55 
 
 
226 aa  74.3  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.56 
 
 
219 aa  73.9  0.000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000181532  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2139  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.9 
 
 
230 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 
211 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>