More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3287 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
239 aa  488  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  88.24 
 
 
239 aa  434  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  86.38 
 
 
239 aa  424  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  85.53 
 
 
239 aa  424  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  84.87 
 
 
239 aa  418  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  84.03 
 
 
241 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  84.1 
 
 
241 aa  413  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  79.83 
 
 
239 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  74.36 
 
 
239 aa  364  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  69.78 
 
 
247 aa  316  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  60.43 
 
 
234 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  50 
 
 
258 aa  223  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  50 
 
 
258 aa  223  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  36.41 
 
 
228 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  35.94 
 
 
228 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  35 
 
 
235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
235 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.24 
 
 
243 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.24 
 
 
243 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
233 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
278 aa  118  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
235 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
235 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 
229 aa  118  7.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
227 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  29.11 
 
 
222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  29.2 
 
 
259 aa  108  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
235 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  32.69 
 
 
226 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
224 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  30.91 
 
 
224 aa  106  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  30.77 
 
 
251 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  30.77 
 
 
251 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  30.77 
 
 
251 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  30.77 
 
 
251 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 
251 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  30.77 
 
 
266 aa  105  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.66 
 
 
232 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
237 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.16 
 
 
243 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  31.22 
 
 
239 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
237 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
229 aa  101  9e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
225 aa  99.4  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.29 
 
 
228 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.42 
 
 
230 aa  99  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.42 
 
 
230 aa  99  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  27.85 
 
 
247 aa  98.2  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  27.85 
 
 
247 aa  98.2  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.89 
 
 
236 aa  98.2  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.63 
 
 
230 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
228 aa  98.2  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  27.85 
 
 
285 aa  98.2  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  27.85 
 
 
247 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.87 
 
 
226 aa  98.2  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
260 aa  97.1  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
226 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
222 aa  96.7  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.85 
 
 
251 aa  95.5  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
225 aa  95.1  8e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
231 aa  95.1  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.49 
 
 
304 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  27.49 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.49 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  27.44 
 
 
248 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.49 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  27.49 
 
 
281 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.44 
 
 
289 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.44 
 
 
309 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.11 
 
 
224 aa  94  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  29.15 
 
 
231 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.44 
 
 
299 aa  92.8  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
239 aa  92.8  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.36 
 
 
235 aa  92.4  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
234 aa  92.4  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
226 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  27.06 
 
 
259 aa  92.4  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  31.19 
 
 
224 aa  92  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  27.06 
 
 
262 aa  92  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  31.5 
 
 
225 aa  91.3  1e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  29.09 
 
 
224 aa  91.7  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  28.5 
 
 
234 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.29 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  25.93 
 
 
226 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
227 aa  90.9  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  26.85 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
234 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
230 aa  90.5  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4243  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.19 
 
 
305 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.286118 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  27.65 
 
 
228 aa  89.7  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
234 aa  89.7  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.98 
 
 
228 aa  89.4  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.64 
 
 
226 aa  89.4  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  28.83 
 
 
225 aa  89  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>