More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3129 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 224 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.26 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.26 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.91 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 230 aa  136  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 235 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 227 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 235 aa  132  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 235 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 235 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  39.09 
 
 		 251 aa  131  9e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  39.09 
 
 		 251 aa  131  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  39.09 
 
 		 251 aa  131  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  39.09 
 
 		 251 aa  131  9e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  39.09 
 
 		 251 aa  131  9e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  38.01 
 
 		 228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 235 aa  128  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  38.91 
 
 		 266 aa  128  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 235 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 235 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.49 
 
 		 243 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.49 
 
 		 243 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 233 aa  122  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  37.73 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 260 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.34 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 227 aa  116  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 239 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  114  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  34.55 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.58 
 
 		 239 aa  112  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  31.8 
 
 		 229 aa  111  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 234 aa  111  9e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.37 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 243 aa  104  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  30.32 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  31.08 
 
 		 226 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 226 aa  99  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  34.09 
 
 		 226 aa  98.2  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 258 aa  92.8  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 		 258 aa  92.8  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 278 aa  90.1  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 224 aa  90.1  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  34.4 
 
 		 225 aa  90.1  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.35 
 
 		 232 aa  90.1  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 231 aa  89.7  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 		 229 aa  89.4  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.18 
 
 		 243 aa  89  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.49 
 
 		 220 aa  89  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 228 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 255 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  27.23 
 
 		 231 aa  87.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.36 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.86 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.8 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.03 
 
 		 225 aa  84  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.8 
 
 		 236 aa  82.8  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.31 
 
 		 225 aa  82.4  0.000000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 225 aa  81.6  0.000000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.31 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.71 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.63 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.73 
 
 		 242 aa  80.5  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  28.44 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  31.31 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.05 
 
 		 225 aa  79.7  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  26.22 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.98 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.98 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.75 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  26.39 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 254 aa  77  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.59 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.24 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  28.96 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  30.28 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1260  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.18 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.259996 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>