More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2630 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 239 aa  488  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  86.55 
 
 		 241 aa  433  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  85.77 
 
 		 239 aa  432  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  84.94 
 
 		 239 aa  427  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  84.94 
 
 		 239 aa  429  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  82.43 
 
 		 239 aa  421  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  84.87 
 
 		 241 aa  420  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  79.83 
 
 		 239 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  73.93 
 
 		 239 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  68.53 
 
 		 247 aa  322  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 234 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.08 
 
 		 258 aa  223  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 258 aa  223  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  36.89 
 
 		 228 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 278 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  36.65 
 
 		 228 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 235 aa  138  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 235 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 235 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 230 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.85 
 
 		 243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.85 
 
 		 243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 227 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 233 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  30.63 
 
 		 229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  34.06 
 
 		 266 aa  122  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  33.92 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  33.92 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  33.92 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  33.92 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  33.92 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 260 aa  119  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  32.3 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 		 237 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 237 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  33.94 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  30.73 
 
 		 222 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  32 
 
 		 237 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.51 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 259 aa  108  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.05 
 
 		 243 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.88 
 
 		 234 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 225 aa  105  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 239 aa  105  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.8 
 
 		 236 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  30 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 227 aa  104  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  33.02 
 
 		 224 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.37 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 		 285 aa  99.8  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 228 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4243  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 305 aa  99  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.286118 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 230 aa  99  5e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  28.37 
 
 		 247 aa  98.2  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.71 
 
 		 284 aa  98.6  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  28.71 
 
 		 284 aa  98.6  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.71 
 
 		 284 aa  98.6  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 226 aa  98.2  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.71 
 
 		 304 aa  97.8  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.69 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.24 
 
 		 251 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  28.37 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  28.37 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.69 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.64 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.64 
 
 		 309 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  28.24 
 
 		 262 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 229 aa  97.4  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.56 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  28.24 
 
 		 259 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  28.71 
 
 		 281 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  28.71 
 
 		 248 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 224 aa  97.1  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 226 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.31 
 
 		 299 aa  95.9  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 226 aa  95.5  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  29.33 
 
 		 238 aa  95.5  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.52 
 
 		 224 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  31 
 
 		 225 aa  94.4  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  29.53 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.75 
 
 		 248 aa  92.8  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 234 aa  92.8  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 236 aa  92  7e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 243 aa  92  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.94 
 
 		 224 aa  92  8e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  29.59 
 
 		 234 aa  91.7  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.59 
 
 		 234 aa  91.7  9e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  27.7 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.7 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>