More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3511 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  473  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  49.34 
 
 		 228 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  48.46 
 
 		 228 aa  221  6e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.55 
 
 		 237 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 227 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 237 aa  209  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.23 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  51.42 
 
 		 266 aa  202  4e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  50.7 
 
 		 251 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  50.7 
 
 		 251 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  50.7 
 
 		 251 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  50.7 
 
 		 251 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  50.7 
 
 		 251 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 239 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.42 
 
 		 243 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.42 
 
 		 243 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 235 aa  187  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  50.23 
 
 		 260 aa  185  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 235 aa  184  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 278 aa  177  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 235 aa  174  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  44.7 
 
 		 239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.98 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 230 aa  162  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 237 aa  156  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  36.27 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.49 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  34.56 
 
 		 226 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  32.58 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.02 
 
 		 239 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 239 aa  122  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 241 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 239 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  33.97 
 
 		 234 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.81 
 
 		 224 aa  118  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  33.02 
 
 		 239 aa  116  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  32.54 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.74 
 
 		 230 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.74 
 
 		 230 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.01 
 
 		 232 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 234 aa  115  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.53 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.92 
 
 		 243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.91 
 
 		 226 aa  102  7e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 226 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.62 
 
 		 242 aa  99.4  5e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.93 
 
 		 226 aa  99  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 		 220 aa  99  5e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 		 224 aa  98.2  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.91 
 
 		 225 aa  95.9  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  28.23 
 
 		 225 aa  95.9  4e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 224 aa  94.7  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 226 aa  94.7  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.97 
 
 		 228 aa  94.4  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.09 
 
 		 228 aa  93.6  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.38 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0827  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 234 aa  93.2  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0664388  normal  0.45478 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 225 aa  92.8  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.57 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  31.61 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.04 
 
 		 225 aa  90.9  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.3 
 
 		 243 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.9 
 
 		 223 aa  89  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.87 
 
 		 230 aa  89  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.72 
 
 		 225 aa  88.2  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.56 
 
 		 236 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 225 aa  86.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  28.35 
 
 		 224 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  25.56 
 
 		 231 aa  85.9  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  27.23 
 
 		 352 aa  85.9  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.55 
 
 		 226 aa  85.5  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  29.89 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  28.28 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  26.32 
 
 		 215 aa  83.6  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.87 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  26.98 
 
 		 214 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.96 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  28.87 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.78 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  25.68 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  25.51 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3179  hypothetical protein  28.5 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1958  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0304498  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.9 
 
 		 224 aa  80.5  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>