More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A0894 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 
226 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.52 
 
 
232 aa  205  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.06 
 
 
243 aa  204  7e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
230 aa  131  9e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.83 
 
 
236 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
233 aa  125  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
227 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
237 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.68 
 
 
224 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.05 
 
 
237 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.3 
 
 
239 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.35 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  31.68 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.35 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  30.05 
 
 
229 aa  116  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
235 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  33.48 
 
 
228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
235 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
235 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
235 aa  112  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  33.48 
 
 
228 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  35.94 
 
 
239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
235 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.02 
 
 
227 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  33.49 
 
 
251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  33.49 
 
 
251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  33.49 
 
 
251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  33.49 
 
 
251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  33.49 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  33.49 
 
 
251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
239 aa  109  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
241 aa  109  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
228 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
235 aa  108  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.4 
 
 
239 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
239 aa  107  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
239 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  29.95 
 
 
239 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
241 aa  106  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
239 aa  105  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
239 aa  105  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.52 
 
 
230 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.57 
 
 
225 aa  102  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.8 
 
 
225 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  28.08 
 
 
238 aa  102  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
225 aa  101  8e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.25 
 
 
228 aa  101  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  32.74 
 
 
225 aa  100  2e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.9 
 
 
228 aa  100  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  35.36 
 
 
226 aa  99.8  3e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
226 aa  98.6  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.16 
 
 
234 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.36 
 
 
220 aa  97.4  1e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  33.51 
 
 
224 aa  97.8  1e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
234 aa  97.4  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.44 
 
 
225 aa  96.7  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  34.62 
 
 
225 aa  96.3  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.5 
 
 
228 aa  95.9  5e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  33.33 
 
 
225 aa  94.4  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
260 aa  94.4  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  30.43 
 
 
247 aa  93.6  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  32.77 
 
 
226 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.43 
 
 
242 aa  93.6  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
226 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.96 
 
 
226 aa  92.4  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  33.15 
 
 
226 aa  92  6e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.07 
 
 
225 aa  92  7e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.48 
 
 
224 aa  91.7  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.56 
 
 
224 aa  90.9  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
278 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
227 aa  89.7  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.81 
 
 
225 aa  89.4  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
237 aa  89  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
231 aa  88.6  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  34.36 
 
 
224 aa  88.2  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.49 
 
 
219 aa  88.2  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
227 aa  85.9  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
223 aa  85.9  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.91 
 
 
224 aa  85.1  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
225 aa  85.1  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
226 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.92 
 
 
220 aa  84.3  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.4 
 
 
231 aa  84.3  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.32 
 
 
225 aa  84.7  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3161  cyclic nucleotide-binding protein  31.28 
 
 
230 aa  84.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
234 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
285 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.7 
 
 
227 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
225 aa  84.3  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  27.75 
 
 
231 aa  84  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.11 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
228 aa  84  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  25.7 
 
 
224 aa  83.2  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
234 aa  82.8  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  29.28 
 
 
222 aa  82.8  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0120  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.06 
 
 
231 aa  82.8  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
228 aa  82.4  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0119  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.98 
 
 
220 aa  82  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.701779  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>