More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1169 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  50 
 
 		 229 aa  211  9e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 228 aa  189  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.27 
 
 		 230 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  31.92 
 
 		 243 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 227 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.96 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.05 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  102  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.11 
 
 		 228 aa  102  7e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 		 236 aa  101  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.33 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.71 
 
 		 225 aa  99.4  4e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 		 225 aa  98.6  6e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.82 
 
 		 225 aa  98.2  9e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 		 224 aa  98.2  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 224 aa  97.4  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 		 231 aa  97.1  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 		 225 aa  97.4  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 226 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 		 232 aa  96.3  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 239 aa  95.5  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.46 
 
 		 243 aa  95.5  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 		 228 aa  95.1  8e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 225 aa  95.1  9e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  31.48 
 
 		 225 aa  94.4  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.13 
 
 		 220 aa  94.7  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 234 aa  94.4  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 241 aa  93.6  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.92 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.13 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  31 
 
 		 227 aa  93.2  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  33.64 
 
 		 222 aa  92.8  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.5 
 
 		 242 aa  92.4  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.48 
 
 		 225 aa  92.4  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 225 aa  92.4  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 226 aa  92  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  31.1 
 
 		 226 aa  92  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 241 aa  91.7  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.12 
 
 		 222 aa  91.3  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.14 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  31 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  31.44 
 
 		 226 aa  90.1  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 		 239 aa  89.7  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 252 aa  89.7  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  31.75 
 
 		 226 aa  89.7  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.35 
 
 		 226 aa  89.7  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.42 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.86 
 
 		 225 aa  89  5e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.43 
 
 		 225 aa  88.6  6e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.52 
 
 		 224 aa  88.6  6e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 230 aa  88.6  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.37 
 
 		 229 aa  88.6  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 225 aa  88.2  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.21 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.82 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.17 
 
 		 219 aa  87.8  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  87  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.91 
 
 		 225 aa  87  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 223 aa  86.7  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.56 
 
 		 220 aa  86.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  32.23 
 
 		 224 aa  86.7  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  85.9  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  85.9  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  85.9  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  85.5  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3161  cyclic nucleotide-binding protein  29.76 
 
 		 230 aa  85.5  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  29.38 
 
 		 224 aa  84.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2020  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.05 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0424227  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.29 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  26.87 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.4 
 
 		 225 aa  82  0.000000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 278 aa  82  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.24 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  29.77 
 
 		 239 aa  81.6  0.000000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.44 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  28.89 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>