More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1951 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  42.78 
 
 		 226 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 224 aa  154  8e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 228 aa  148  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.97 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 226 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.16 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  35.68 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.2 
 
 		 225 aa  121  6e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.84 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  38.27 
 
 		 228 aa  119  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 226 aa  118  7e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.56 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  36.36 
 
 		 225 aa  116  1.9999999999999998e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.95 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.71 
 
 		 226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.89 
 
 		 226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 		 220 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  36.59 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 224 aa  112  5e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.22 
 
 		 228 aa  111  7.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.99 
 
 		 224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.36 
 
 		 225 aa  108  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  37.63 
 
 		 225 aa  105  6e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  33.02 
 
 		 228 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  35.32 
 
 		 226 aa  103  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 278 aa  102  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.44 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  35.48 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  32.55 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 227 aa  99.8  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.76 
 
 		 224 aa  99.8  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 229 aa  99  6e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 		 243 aa  98.6  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  32.84 
 
 		 224 aa  98.6  6e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 		 243 aa  98.6  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 225 aa  98.6  7e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  34.27 
 
 		 224 aa  97.8  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 239 aa  97.4  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  34.46 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 225 aa  96.7  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 239 aa  96.7  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.99 
 
 		 239 aa  96.3  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 239 aa  96.7  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 246 aa  96.7  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 224 aa  95.9  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 224 aa  96.3  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 241 aa  95.5  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 241 aa  95.5  6e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.68 
 
 		 224 aa  95.5  6e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.66 
 
 		 224 aa  95.1  7e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 224 aa  95.1  8e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 224 aa  95.1  8e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 224 aa  95.1  8e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  34.23 
 
 		 225 aa  94.7  9e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.8 
 
 		 224 aa  94.4  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 239 aa  94.7  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.47 
 
 		 239 aa  93.6  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 227 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.46 
 
 		 236 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 224 aa  93.2  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  35.59 
 
 		 236 aa  92.4  5e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 239 aa  92.4  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 225 aa  91.3  9e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  33.18 
 
 		 239 aa  90.9  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 231 aa  91.3  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 241 aa  90.9  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.69 
 
 		 228 aa  90.1  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.51 
 
 		 243 aa  89.4  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 225 aa  89.4  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 		 226 aa  89.4  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 		 234 aa  88.2  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 237 aa  88.2  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 235 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 227 aa  86.3  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 248 aa  85.5  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 227 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 		 239 aa  85.5  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  35.57 
 
 		 286 aa  85.5  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1984  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 230 aa  85.1  8e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.513682  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 226 aa  85.1  9e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 234 aa  84.7  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  28.97 
 
 		 247 aa  84.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 233 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.49 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 227 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1936  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.308171  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2165  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1975  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>