More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4353 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  67.28 
 
 		 228 aa  290  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  65.92 
 
 		 228 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  69.16 
 
 		 227 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.21 
 
 		 235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.05 
 
 		 237 aa  241  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.53 
 
 		 237 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  60.09 
 
 		 266 aa  238  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.21 
 
 		 235 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.66 
 
 		 235 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.66 
 
 		 235 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  58.69 
 
 		 251 aa  235  4e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  58.69 
 
 		 251 aa  235  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  58.69 
 
 		 251 aa  235  4e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  58.69 
 
 		 251 aa  235  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  58.69 
 
 		 251 aa  235  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.49 
 
 		 239 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 235 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.66 
 
 		 235 aa  231  5e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  56.64 
 
 		 243 aa  231  6e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  56.64 
 
 		 243 aa  231  6e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  55.7 
 
 		 239 aa  222  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 233 aa  219  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.14 
 
 		 234 aa  209  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 278 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.44 
 
 		 237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 260 aa  170  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  40 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  39.72 
 
 		 229 aa  165  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  43.78 
 
 		 236 aa  164  8e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  39.72 
 
 		 234 aa  154  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.92 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  34.55 
 
 		 239 aa  141  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.92 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 239 aa  138  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 239 aa  138  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  35.81 
 
 		 247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 241 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0827  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0664388  normal  0.45478 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.04 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.23 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.94 
 
 		 224 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  36.02 
 
 		 226 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.62 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.62 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  36.11 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  32.26 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  33.18 
 
 		 243 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 228 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  29.65 
 
 		 226 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 226 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  35 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  31.82 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.09 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.48 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.93 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.49 
 
 		 230 aa  105  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.58 
 
 		 226 aa  105  7e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 220 aa  102  5e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  34.27 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  35.05 
 
 		 226 aa  102  7e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.03 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.09 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.56 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.64 
 
 		 228 aa  99.8  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.91 
 
 		 224 aa  99.8  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.99 
 
 		 225 aa  98.6  7e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.88 
 
 		 242 aa  98.6  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  31.36 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3110  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  32.54 
 
 		 222 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.15 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 226 aa  95.9  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 223 aa  95.5  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.01 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 		 219 aa  94.4  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  29.36 
 
 		 228 aa  93.6  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  31.58 
 
 		 259 aa  93.6  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.64 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.92 
 
 		 220 aa  92  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 222 aa  92  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.11 
 
 		 224 aa  91.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  30.09 
 
 		 224 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.39 
 
 		 251 aa  89.4  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 227 aa  89.4  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.52 
 
 		 229 aa  89.4  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  29.55 
 
 		 262 aa  89.4  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 226 aa  89.4  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>