More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2706 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
228 aa  458  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  50 
 
 
229 aa  227  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.58 
 
 
227 aa  189  4e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
226 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  36.56 
 
 
226 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  33.48 
 
 
224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  37.23 
 
 
243 aa  121  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
227 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 
224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.38 
 
 
236 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 
236 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.94 
 
 
224 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
222 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.02 
 
 
225 aa  109  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.22 
 
 
225 aa  109  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
231 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
235 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.48 
 
 
225 aa  107  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.4 
 
 
230 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.03 
 
 
226 aa  106  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.8 
 
 
228 aa  105  5e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
226 aa  105  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.78 
 
 
225 aa  104  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 
225 aa  104  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.87 
 
 
226 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.04 
 
 
228 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.08 
 
 
235 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.08 
 
 
235 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
248 aa  102  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
228 aa  101  9e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
235 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
235 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.53 
 
 
235 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  31.48 
 
 
224 aa  100  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.85 
 
 
219 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.05 
 
 
235 aa  99  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  34.24 
 
 
225 aa  99  6e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.36 
 
 
225 aa  98.6  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.16 
 
 
225 aa  98.6  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
218 aa  98.2  8e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
227 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.65 
 
 
242 aa  97.4  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.02 
 
 
229 aa  97.1  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
224 aa  97.4  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
236 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.16 
 
 
220 aa  97.1  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4977  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.59 
 
 
234 aa  96.7  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.111601 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.7 
 
 
225 aa  96.7  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.34 
 
 
228 aa  96.3  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.03 
 
 
251 aa  95.5  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 
240 aa  95.5  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  33.95 
 
 
239 aa  95.5  6e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
254 aa  95.1  8e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
225 aa  94.4  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.52 
 
 
225 aa  94.7  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
229 aa  93.6  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
240 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
230 aa  92.8  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  29.82 
 
 
225 aa  92.4  5e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  37.98 
 
 
286 aa  92  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
224 aa  92  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  29.52 
 
 
228 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.69 
 
 
225 aa  91.3  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.49 
 
 
237 aa  90.9  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  30 
 
 
228 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.57 
 
 
229 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
227 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.11 
 
 
230 aa  90.5  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.3 
 
 
226 aa  90.1  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 
226 aa  90.5  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.18 
 
 
237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  26.99 
 
 
228 aa  89.4  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.76 
 
 
236 aa  89.4  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.82 
 
 
241 aa  89  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  32.39 
 
 
251 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  32.39 
 
 
251 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.07 
 
 
239 aa  89  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.97 
 
 
225 aa  89  6e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.63 
 
 
229 aa  89  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  32.39 
 
 
251 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  32.39 
 
 
251 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  32.39 
 
 
251 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.57 
 
 
224 aa  88.6  8e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 
266 aa  88.2  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.85 
 
 
235 aa  88.2  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
218 aa  87.8  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 
227 aa  87.4  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.98 
 
 
220 aa  87  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.18 
 
 
222 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
223 aa  87  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.6 
 
 
223 aa  87  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.63 
 
 
239 aa  87.4  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
224 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  32 
 
 
236 aa  86.3  3e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
224 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
224 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
232 aa  86.3  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>