More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4520 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
236 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  46.82 
 
 
243 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.73 
 
 
228 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  36.24 
 
 
224 aa  137  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  35.44 
 
 
224 aa  135  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
226 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.69 
 
 
226 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.79 
 
 
224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.22 
 
 
225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 
228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.48 
 
 
228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  32.24 
 
 
225 aa  128  8.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.73 
 
 
226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  34.83 
 
 
226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  37.19 
 
 
226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.15 
 
 
230 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.49 
 
 
228 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
225 aa  124  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  33.03 
 
 
225 aa  124  2e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.94 
 
 
225 aa  123  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  31.19 
 
 
225 aa  121  9e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.03 
 
 
226 aa  120  3e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.02 
 
 
226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.23 
 
 
224 aa  118  7e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 
225 aa  118  7.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
230 aa  118  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 
242 aa  116  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.9 
 
 
225 aa  115  5e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  30.48 
 
 
224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.38 
 
 
228 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  30.73 
 
 
226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.75 
 
 
225 aa  112  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 
220 aa  112  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
224 aa  112  5e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.95 
 
 
224 aa  112  7.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
226 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
224 aa  111  8.000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  34.39 
 
 
228 aa  111  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.73 
 
 
225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  29.11 
 
 
239 aa  110  3e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  34.08 
 
 
228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  32.87 
 
 
266 aa  108  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  31.98 
 
 
224 aa  108  6e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  32.41 
 
 
251 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  32.41 
 
 
251 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  32.41 
 
 
251 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  32.41 
 
 
251 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  32.41 
 
 
251 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  28.64 
 
 
236 aa  107  1e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.94 
 
 
237 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.46 
 
 
224 aa  107  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.01 
 
 
225 aa  107  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
228 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.35 
 
 
224 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.49 
 
 
224 aa  106  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
263 aa  106  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.93 
 
 
227 aa  105  7e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.28 
 
 
223 aa  105  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
228 aa  105  9e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.8 
 
 
239 aa  105  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
230 aa  104  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.76 
 
 
219 aa  104  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
225 aa  104  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 
229 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
248 aa  103  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
237 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
226 aa  103  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  31.43 
 
 
225 aa  103  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.27 
 
 
243 aa  103  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.45 
 
 
239 aa  103  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.91 
 
 
231 aa  103  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.38 
 
 
225 aa  103  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
225 aa  102  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
235 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
235 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.42 
 
 
225 aa  102  5e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
235 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
235 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
225 aa  102  7e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
239 aa  102  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
246 aa  102  8e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
239 aa  101  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
239 aa  101  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
227 aa  101  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
235 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
235 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
239 aa  101  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.38 
 
 
227 aa  100  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
230 aa  100  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  27.73 
 
 
229 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
241 aa  99.8  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.85 
 
 
237 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.19 
 
 
231 aa  99.8  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>