More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2102 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
226 aa  441  1e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  59.73 
 
 
228 aa  262  3e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.5 
 
 
227 aa  240  1e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.75 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.42 
 
 
248 aa  210  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.21 
 
 
236 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.83 
 
 
231 aa  194  9e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.12 
 
 
229 aa  194  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  48.1 
 
 
228 aa  193  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.1 
 
 
241 aa  187  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.39 
 
 
230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.22 
 
 
227 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
224 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.78 
 
 
227 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.79 
 
 
229 aa  178  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.22 
 
 
229 aa  158  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.22 
 
 
229 aa  156  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.36 
 
 
227 aa  155  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
225 aa  140  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
254 aa  138  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.97 
 
 
226 aa  134  8e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.27 
 
 
219 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.98 
 
 
239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
238 aa  131  9e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.8 
 
 
229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.8 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
234 aa  128  8.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  34.1 
 
 
223 aa  124  8.000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
241 aa  124  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  33.33 
 
 
226 aa  123  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  37.56 
 
 
225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.92 
 
 
225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.92 
 
 
225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.87 
 
 
222 aa  119  3.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.59 
 
 
225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.84 
 
 
236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.86 
 
 
227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.98 
 
 
226 aa  116  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.05 
 
 
225 aa  116  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.02 
 
 
243 aa  115  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
239 aa  115  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
225 aa  114  8.999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.02 
 
 
243 aa  114  8.999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  35.24 
 
 
245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
240 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
231 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.56 
 
 
225 aa  113  3e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.36 
 
 
224 aa  112  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.7 
 
 
225 aa  112  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
223 aa  112  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.09 
 
 
225 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
233 aa  111  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.51 
 
 
242 aa  111  9e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.8 
 
 
234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.55 
 
 
225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.98 
 
 
236 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.84 
 
 
220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.26 
 
 
229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4447  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.8 
 
 
226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  31.43 
 
 
236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
226 aa  109  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
237 aa  109  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
234 aa  109  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0628  transcriptional regulator Dnr  35.07 
 
 
227 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.67 
 
 
231 aa  109  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06870  transcriptional regulator Dnr  35.07 
 
 
227 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.49 
 
 
225 aa  109  3e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 
236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.8 
 
 
230 aa  108  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.8 
 
 
230 aa  108  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  33.8 
 
 
230 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  33.8 
 
 
230 aa  108  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.73 
 
 
225 aa  108  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.8 
 
 
229 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.8 
 
 
229 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  33.8 
 
 
229 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09560  cAMP-binding protein  34.82 
 
 
231 aa  108  8.000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.348668  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
231 aa  108  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
236 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.29 
 
 
224 aa  106  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  30.18 
 
 
243 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
224 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1838  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.02 
 
 
225 aa  107  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0983527  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
261 aa  106  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.65 
 
 
253 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
231 aa  106  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
232 aa  106  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  31 
 
 
232 aa  105  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.64 
 
 
225 aa  105  7e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.18 
 
 
226 aa  104  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.63 
 
 
226 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.77 
 
 
236 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  33.18 
 
 
254 aa  102  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  28.93 
 
 
232 aa  102  4e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>