More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2109 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
225 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  97.78 
 
 
225 aa  448  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  79.11 
 
 
225 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  79.11 
 
 
225 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  76.44 
 
 
225 aa  352  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.81 
 
 
227 aa  161  6e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
231 aa  155  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
234 aa  152  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  36.12 
 
 
245 aa  149  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.95 
 
 
253 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.44 
 
 
229 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.44 
 
 
229 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.89 
 
 
229 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  36.44 
 
 
229 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.44 
 
 
230 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  36.44 
 
 
230 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  36.44 
 
 
230 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.44 
 
 
230 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
232 aa  138  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
252 aa  135  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.86 
 
 
229 aa  131  7.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.53 
 
 
243 aa  128  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  34.42 
 
 
254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1904  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
254 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0603838  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.63 
 
 
254 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0525745  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
233 aa  124  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.62 
 
 
246 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.62 
 
 
229 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
248 aa  111  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
224 aa  109  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.01 
 
 
227 aa  107  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.86 
 
 
229 aa  105  6e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
254 aa  103  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2638  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.08 
 
 
222 aa  103  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
229 aa  103  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0628  transcriptional regulator Dnr  33.49 
 
 
227 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.52 
 
 
227 aa  103  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06870  transcriptional regulator Dnr  33.49 
 
 
227 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
228 aa  102  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
239 aa  102  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.52 
 
 
222 aa  102  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.52 
 
 
222 aa  102  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
241 aa  101  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
231 aa  101  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
228 aa  100  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
230 aa  98.6  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.82 
 
 
229 aa  99  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
229 aa  97.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.41 
 
 
227 aa  97.1  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
232 aa  96.3  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
225 aa  94.4  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
225 aa  94.7  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.14 
 
 
228 aa  93.6  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
232 aa  92.4  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.82 
 
 
225 aa  91.7  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.97 
 
 
225 aa  90.9  1e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.05 
 
 
242 aa  89.7  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3081  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
249 aa  89.7  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0390484  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
236 aa  89.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.23 
 
 
227 aa  89  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
238 aa  89  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.79 
 
 
233 aa  88.6  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.56 
 
 
225 aa  88.2  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
234 aa  86.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.79 
 
 
227 aa  86.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.15 
 
 
228 aa  86.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.06 
 
 
225 aa  86.3  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1312  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
209 aa  85.9  5e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000433355  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  24.15 
 
 
230 aa  85.9  5e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.37 
 
 
225 aa  85.1  9e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
235 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
258 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.9 
 
 
222 aa  83.6  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.54 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.75 
 
 
228 aa  83.2  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.65 
 
 
226 aa  82.4  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.4 
 
 
219 aa  82.4  0.000000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  30.86 
 
 
222 aa  81.6  0.000000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.14 
 
 
236 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  27.27 
 
 
226 aa  81.3  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.98 
 
 
227 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.36 
 
 
225 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2685  cAMP-binding protein  29.67 
 
 
272 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
223 aa  79.7  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.18 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  29.06 
 
 
223 aa  80.1  0.00000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  29.77 
 
 
235 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
235 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.74 
 
 
231 aa  79.3  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  26.32 
 
 
224 aa  79  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.94 
 
 
251 aa  79  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.98 
 
 
226 aa  78.6  0.00000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.7 
 
 
220 aa  77.4  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
235 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
235 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.19 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
235 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  26.36 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>