More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1444 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  88.14 
 
 		 236 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  87.29 
 
 		 236 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  77.25 
 
 		 240 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6822  Crp/FNR family transcriptional regulator  73.73 
 
 		 239 aa  362  4e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  60.53 
 
 		 231 aa  291  8e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.46 
 
 		 233 aa  284  9e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.02 
 
 		 234 aa  278  4e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.76 
 
 		 231 aa  265  4e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.76 
 
 		 231 aa  265  4e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  53.28 
 
 		 231 aa  261  8.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  51.75 
 
 		 231 aa  255  4e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.78 
 
 		 233 aa  232  3e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  49.78 
 
 		 233 aa  232  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  48.9 
 
 		 233 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 232 aa  225  6e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  48.58 
 
 		 232 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0281  transcriptional regulator NnrR  47.64 
 
 		 232 aa  210  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 257 aa  200  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 235 aa  170  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  40.91 
 
 		 250 aa  170  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2812  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 243 aa  165  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.25 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  35.91 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1070  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 235 aa  150  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.105875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.53 
 
 		 234 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5204  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 261 aa  143  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.26828 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2020  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.79 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0424227  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 261 aa  128  7.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 227 aa  126  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 249 aa  122  7e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2027  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.37 
 
 		 226 aa  119  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  33.17 
 
 		 261 aa  114  8.999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 225 aa  113  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.5 
 
 		 225 aa  112  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 224 aa  106  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 241 aa  105  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 236 aa  105  6e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0644  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.38 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000386152  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.2 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 		 237 aa  102  5e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33 
 
 		 257 aa  102  5e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.54 
 
 		 219 aa  102  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 230 aa  102  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 254 aa  99.8  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.5 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0629  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 		 230 aa  99  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.57 
 
 		 239 aa  98.6  7e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 229 aa  98.6  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 254 aa  98.2  9e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.93 
 
 		 229 aa  97.1  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0657  cyclic nucleotide-binding protein  27.78 
 
 		 246 aa  97.4  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.418671  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  29.79 
 
 		 352 aa  96.7  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.05 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 232 aa  96.3  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 222 aa  95.9  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.57 
 
 		 223 aa  95.5  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  25.69 
 
 		 230 aa  95.1  8e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.83 
 
 		 224 aa  94.7  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.66 
 
 		 231 aa  93.2  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 231 aa  93.2  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.55 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.05 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.19 
 
 		 242 aa  92.4  6e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 224 aa  92  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.02 
 
 		 224 aa  91.7  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.66 
 
 		 226 aa  91.7  9e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.45 
 
 		 225 aa  91.7  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.82 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.39 
 
 		 227 aa  90.1  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.89 
 
 		 227 aa  90.5  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.7 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  26.61 
 
 		 224 aa  90.9  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.83 
 
 		 225 aa  90.1  3e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.44 
 
 		 227 aa  89.7  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.76 
 
 		 243 aa  89.4  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.46 
 
 		 229 aa  89.4  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.46 
 
 		 229 aa  89.4  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 248 aa  89  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.46 
 
 		 229 aa  89.4  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  25.46 
 
 		 229 aa  89.4  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  25.46 
 
 		 230 aa  89.4  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.46 
 
 		 230 aa  89.4  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  25.46 
 
 		 230 aa  89.4  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  25 
 
 		 226 aa  89.4  5e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.46 
 
 		 230 aa  89.4  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  26.01 
 
 		 267 aa  89  6e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>