More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3897 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
227 aa  457  9.999999999999999e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  73.66 
 
 
228 aa  340  1e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.94 
 
 
225 aa  209  4e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2027  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.27 
 
 
226 aa  187  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.71 
 
 
231 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
235 aa  132  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
233 aa  128  8.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.28 
 
 
236 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6822  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
239 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.36 
 
 
236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 
229 aa  118  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2812  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
243 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
257 aa  116  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1070  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
235 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.105875  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  29.09 
 
 
250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.27 
 
 
243 aa  108  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
227 aa  107  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
249 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  26.37 
 
 
232 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.05 
 
 
231 aa  105  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
233 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.05 
 
 
231 aa  105  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
233 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0281  transcriptional regulator NnrR  25.87 
 
 
232 aa  105  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
232 aa  105  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
233 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
226 aa  104  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.95 
 
 
228 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5204  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
261 aa  102  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.26828 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
224 aa  100  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  26.48 
 
 
240 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
228 aa  99.4  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
231 aa  99.4  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
231 aa  99  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0657  cyclic nucleotide-binding protein  28.5 
 
 
246 aa  98.2  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.418671  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  27.44 
 
 
221 aa  98.2  9e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30 
 
 
225 aa  98.2  1e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.55 
 
 
229 aa  95.9  5e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.11 
 
 
226 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.33 
 
 
220 aa  93.2  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 
226 aa  93.2  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.87 
 
 
252 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 
234 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30 
 
 
226 aa  92.8  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1498  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
239 aa  92.4  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163113  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.52 
 
 
242 aa  92.4  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
225 aa  91.7  8e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 
225 aa  91.7  9e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.52 
 
 
225 aa  90.9  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
241 aa  90.9  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.55 
 
 
236 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  28.11 
 
 
224 aa  89.7  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.91 
 
 
236 aa  89.4  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.06 
 
 
225 aa  89.4  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.63 
 
 
234 aa  89  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
230 aa  88.6  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.1 
 
 
228 aa  89  6e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  32.08 
 
 
225 aa  88.6  7e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
225 aa  88.6  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.47 
 
 
225 aa  87.8  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.86 
 
 
228 aa  87.8  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2020  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.68 
 
 
239 aa  88.2  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0424227  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
225 aa  87.8  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.35 
 
 
222 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.07 
 
 
237 aa  87  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.19 
 
 
224 aa  86.7  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.98 
 
 
352 aa  86.7  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  28.44 
 
 
225 aa  87  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  26.19 
 
 
224 aa  86.7  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 
224 aa  86.3  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.36 
 
 
261 aa  86.7  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
225 aa  86.3  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.49 
 
 
224 aa  85.9  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
230 aa  85.5  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
248 aa  85.1  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.02 
 
 
230 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
226 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.19 
 
 
225 aa  84.7  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
226 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
228 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.76 
 
 
224 aa  84.3  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
229 aa  84  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2139  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
230 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  27.96 
 
 
226 aa  83.6  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.27 
 
 
235 aa  83.6  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
230 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.216294  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  23.81 
 
 
224 aa  83.6  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2165  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
230 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1984  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.513682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1958  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
230 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0304498  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1936  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
230 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.308171  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
226 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.6 
 
 
232 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2615  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
244 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00240538  normal  0.855877 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>