More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2812 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2812  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
243 aa  482  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  88.03 
 
 
250 aa  421  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5204  CRP/FNR family transcriptional regulator  45.95 
 
 
261 aa  193  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.26828 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.23 
 
 
231 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.4 
 
 
240 aa  175  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
232 aa  174  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
231 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.17 
 
 
236 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.8 
 
 
235 aa  169  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6822  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.86 
 
 
239 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
233 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
231 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
234 aa  165  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  38.86 
 
 
236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
231 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
231 aa  163  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
236 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  35.91 
 
 
232 aa  158  7e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0281  transcriptional regulator NnrR  35.91 
 
 
232 aa  158  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
233 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
233 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
257 aa  151  8.999999999999999e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
233 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
252 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.48 
 
 
229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  37.84 
 
 
240 aa  138  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.88 
 
 
234 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
261 aa  118  7.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
227 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1070  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
235 aa  116  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.105875  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.19 
 
 
225 aa  108  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  30.67 
 
 
261 aa  106  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  28.96 
 
 
224 aa  106  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.79 
 
 
226 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
249 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
225 aa  102  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.17 
 
 
225 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2020  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
239 aa  101  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0424227  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.82 
 
 
231 aa  100  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
226 aa  99.8  4e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0644  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.19 
 
 
243 aa  99.4  5e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000386152  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.32 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.14 
 
 
228 aa  97.8  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.48 
 
 
237 aa  97.1  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
236 aa  96.3  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.43 
 
 
231 aa  95.5  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.91 
 
 
236 aa  95.1  9e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.68 
 
 
236 aa  94.4  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.68 
 
 
236 aa  94.4  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.54 
 
 
226 aa  93.2  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.62 
 
 
257 aa  93.6  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.54 
 
 
224 aa  92.8  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.85 
 
 
226 aa  92.4  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2027  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.66 
 
 
226 aa  92  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  27.23 
 
 
225 aa  91.7  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.37 
 
 
224 aa  91.3  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.6 
 
 
235 aa  91.3  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.7 
 
 
225 aa  90.9  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.09 
 
 
229 aa  90.9  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  24.22 
 
 
236 aa  90.5  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
228 aa  89.7  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.5 
 
 
230 aa  89.4  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
236 aa  89  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.89 
 
 
227 aa  89  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.31 
 
 
241 aa  88.2  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.07 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  27.1 
 
 
226 aa  87.4  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.23 
 
 
225 aa  87.4  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.32 
 
 
227 aa  87.4  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
234 aa  87.4  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
254 aa  87.4  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.65 
 
 
229 aa  86.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
226 aa  86.3  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 
229 aa  85.9  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.53 
 
 
236 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.74 
 
 
225 aa  84.7  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.87 
 
 
227 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
251 aa  84.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4632  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
234 aa  84.3  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  22.97 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  24.22 
 
 
228 aa  83.2  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.05 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  25.51 
 
 
225 aa  82.4  0.000000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  25.12 
 
 
224 aa  81.6  0.000000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0345  Crp family transcriptional regulator  24.53 
 
 
229 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.254354  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0411  transcriptional regulator, Crp family  24.53 
 
 
229 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000553573 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
242 aa  81.3  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.75 
 
 
225 aa  81.3  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.45 
 
 
228 aa  81.3  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.34 
 
 
224 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  24.43 
 
 
224 aa  80.9  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
235 aa  80.5  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
224 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  27.53 
 
 
221 aa  80.9  0.00000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.04 
 
 
227 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>