More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3066 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 
240 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  67.69 
 
 
252 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  67.24 
 
 
234 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.49 
 
 
229 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
231 aa  174  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.01 
 
 
231 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.01 
 
 
231 aa  171  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
231 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.12 
 
 
231 aa  160  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.73 
 
 
236 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
257 aa  156  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.36 
 
 
236 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  35.91 
 
 
236 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
240 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
232 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
233 aa  150  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.41 
 
 
233 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.41 
 
 
233 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6822  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
239 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
234 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
233 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  39.11 
 
 
250 aa  144  9e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2812  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
243 aa  138  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  33.02 
 
 
232 aa  137  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.04 
 
 
235 aa  135  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1070  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
235 aa  135  8e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.105875  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0281  transcriptional regulator NnrR  31.65 
 
 
232 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
261 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 
225 aa  103  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
228 aa  103  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
249 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.52 
 
 
243 aa  100  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
227 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.76 
 
 
222 aa  99  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2020  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.14 
 
 
239 aa  97.8  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0424227  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.72 
 
 
237 aa  97.1  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.55 
 
 
257 aa  96.7  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
227 aa  96.3  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
225 aa  94.7  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5204  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
261 aa  94.7  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.26828 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.64 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.75 
 
 
239 aa  93.6  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0657  cyclic nucleotide-binding protein  27.54 
 
 
246 aa  93.6  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.418671  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0644  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.62 
 
 
243 aa  93.2  4e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000386152  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
227 aa  92.8  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.36 
 
 
231 aa  91.3  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
236 aa  90.9  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  31.02 
 
 
261 aa  90.5  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
236 aa  90.9  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
228 aa  90.5  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2027  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.34 
 
 
226 aa  88.6  7e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
237 aa  87.4  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.65 
 
 
229 aa  87  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.02 
 
 
223 aa  87  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
235 aa  86.3  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
226 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
222 aa  85.9  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.64 
 
 
224 aa  85.5  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.76 
 
 
226 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
234 aa  84.3  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
236 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.24 
 
 
225 aa  84.3  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.24 
 
 
225 aa  84.7  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.35 
 
 
241 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.2 
 
 
227 aa  84  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.2 
 
 
227 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.69 
 
 
236 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
229 aa  82.8  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
231 aa  82.4  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.67 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 
212 aa  82  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
254 aa  80.9  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
226 aa  81.3  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  24.65 
 
 
228 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
222 aa  80.9  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
229 aa  80.1  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1996  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
261 aa  79.3  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4053  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  26.26 
 
 
221 aa  79  0.00000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  24.65 
 
 
225 aa  79  0.00000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
241 aa  78.6  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.71 
 
 
220 aa  78.6  0.00000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.64 
 
 
232 aa  77.8  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.88 
 
 
224 aa  78.2  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.43 
 
 
254 aa  77.8  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.4 
 
 
237 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.02 
 
 
229 aa  77.4  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
248 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  27.78 
 
 
226 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.85 
 
 
229 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  26.53 
 
 
224 aa  77  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.01 
 
 
229 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.38 
 
 
224 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
226 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.45 
 
 
227 aa  77  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4272  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.65 
 
 
218 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.71016  normal  0.563993 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.09 
 
 
217 aa  75.9  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.04 
 
 
234 aa  75.9  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>